הרב הדאיה נולד בשנת התר"ן בעיר חאלב בסוריה. כשהיה בן חמש שנים עלתה משפחתו לארץ והתיישבה בירושלים. כבר משחר נעוריו ניכר היה שנועד לגדולות ואביו הרב שלום זצ"ל שכר לו מלמד פרטי בשם הרב שבתי בוחבוט על מנת שיגדל ויעצים את ידיעותיו בתורה.
הרב הדאיה עלה ונתעלה בלימוד התורה וכבר בגיל צעיר מאד (בגיל 18) כתב ספר על הרמב"ם בשם עבד המלך. הספר עוסק בדברי הרמב"ם ונושאי כליו העיקריים, והוא נכתב בעיון גדול ופלפול חריף.
הרב הדאיה התמנה לר"מ בישיבת פורת יוסף ובמקביל היה לאחד מחכמי המקובלים של ישיבת המקובלים "עוז והדר" שהיתה בפורת יוסף. בזמן כהונתו כר"מ בישיבה החלו להריץ אליו שאלות מכל רחבי העולם בכל מכמני התורה- אורח חיים, יורה דעה, אבן העזר וחושן משפט. גם שאלות רבות בביאור פסוקים בתורה, מדרשים, בסוגיות בתלמוד וברמב"ם ואפילו בתורת הנסתר.
שאלות רבות בעניני השעה וענינים אקטואליים רבים, גם הם נדונו בתשובותיו הרבות: ניתוחי מתים, הסתרת זהות היהודית בזמן השואה, גיורים, עגונות ועוד. את הפסקים הדפיס בספרו ישכיל עבדי (8 חלקים), ואת התשובות על פי הסוד הדפיס בספר "דעה והשכל".
בשנת התרצ"ט התמנה לרב של עדת הספרדים בפתח תקוה, שם כיהן כרב וכדיין עד שנת התשי"א, בה מונה על ידי הראשל"צ הרב עוזיאל לדיין בבית הדין הגדול. במקביל היה חבר במועצת הרבנות הראשית, וראש ישיבת המקובלים בית א-ל.
שיטת הפסיקה של הרב הדאיה הייתה לפי הכללים שנמסרו לו מהראשל"צ היש"א ברכה ומאביו הרב שלום זצ"ל. הרב היה מתחיל מדברי הגמרא והראשונים בעיון גדול ולאחר מכן מכריע את ההלכה. היה משלב בפסיקת ההלכה נימוקים על פי הסוד. כדוגמא לכך אסר להשכיר דירה למחלל שבת בפרהסיא גם מטעם על פי הסוד. סבר שיש לומר ברכת מעין שבע גם בליל פסח שחל בשבת ועוד. הרב היה מעמיד את מנהגי עדות ישראל והיה מורה להמשיך לנהוג אותם גם בארץ. הוא לא ראה בעין יפה שינויי מנהגים בקרב עדות הספרדים.
ישנם פסקים בהם הראה את כוחו הגדול להקל. דוגמא לכך, הוא התיר לאפות בתנור מאפה חלב, לאחר מכן להפעיל את התנור כ20 דקות על חום מקסימלי ולאחר מכן לאפות בו מאפה בשרי.
הרב הדאיה היה בעל דעות ציוניות מובהקות. בתשובותיו הרבות ניכרת אהבתו לארץ ישראל ולמדינה. דוגמא לכך אפשר לראות בנימוקיו למה לא לעשות שני ימים טובים של גלויות בעיר אילת "שלא יאמרו אומות העולם- גם אתם אומרים שאינה שלכם והראיה שאינכם עושים שם יום אחד כשאר ארץ ישראל".
כמו כן אסר לחלוטין החזרת שטחים תמורת הסכם שלום (חלק ח סימן מג). כתב שמצוה גדולה להצביע לכנסת ולעיריה (חלק ח סימן ג) וכן להתגייס לצה"ל (חלק ז סימן מד). קיים את המנהג של עמידה בצפירה (סוף חלקו). את הקמת מדינת ישראל ראה כאתחלתא דגאולה כמו שהאריך בהקדמה לספרו בחלקים החמישי והשישי, ובנוסף לזה כתב שם בחריפות על המלמדים חובה על ראשי הציונות.
חיבה מיוחדת היתה לו לרב קוק זצ"ל ולבנו הרצי"ה. על ספרו ישכיל עבדי קיבל מהרב קוק הסכמה ואף התכתב עימו מספר פעמים בהלכה. לאחר פטירתו הספיד אותו בישיבת מרכז הרב ושם אמר שאת קוק מותר להספיד גם שנים רבות אחר פטירתו כיון שלא קם כמוהו אחרי פטירתו. הרב הדאיה השתתף בהנחת אבן פינה לבנין החדש של ישיבת מרכז הרב. כמו כן התכתב בהלכה עם הרצי"ה.
בין תלמידיו נמנה גם הרב מרדכי אליהו זצ"ל. הרב אליהו סיפר שלמד אצלו את כוונות התקיעות לפי ראש השנה על מנת שיוכל לשמש כתוקע בישיבת המקובלים בראש השנה. כאשר הגיע זמן התקיעות בראש השנה הרב אליהו שם על ידו את סידור הכוונות ותקע לאט כדי שיוכל לכוון. לפתע הרב הדאיה סגר לו את הסידור וסימן לו עם היד שיפסיק לכוון.
אחרי התפילה אמר הרב הדאיה לרב אליהו: "אי אפשר לתקוע עם כוונות אם זה לוקח הרבה זמן". הרב אליהו סיפר שכאשר הרב הדאיה היה תוקע עם הכוונות היה עושה זאת בזריזות, כך גם תפילתו לא ארכה זמן רב. כמו כן הרב הדאיה לימד קבלה את הבבא סאלי ואת הרב מרדכי שרעבי.
באורח חייו היה הרב מסודר מאד ועשה הכל בזריזות מופלאה. סדר יומו החל בקימה לפני עמוד השחר, הליכה לישיבת המקובלים בית א-ל ללימוד, תפילה ואחריה לימוד, לאחר מכן היה שב לביתו לענות לשאלות הרבות שהגיעו אליו. את תשובותיו היה כותב בזריזות רבה במכונת כתיבה ביד אחת, ומיד אחר כך רץ לשלשל את המכתבים בתיבת הדואר. סדר יומו היה מסודר ומדוייק מאד. פעם בשבוע היה הולך לבית הדין ברגל כדי לשמור על כושר, ובסוף החודש היה מחזיר את דמי הנסיעות שקיבל על כל הפעמים שלא השתמש בתחבורה.
בשבת קודש פרשת יתרו - כ' בשבט התשכ"ט, עלה הרב הדאיה לתורה וקרא עשרת הדברות כבכל שנה. לאחר מנחה גדולה וסעודה שלישית הלך ללמוד. באמצע הלימוד הרגיש שרוצה לנוח וביקש מבתו להעיר אותו לאחר כ-20 דקות. אך כאשר הגיעה להעיר אותו ראתה שהשיב נשמתו לבוראו.
זכותו תגן עלינו ועל כל ישראל, אמן.