תמיר פרדו ששימש ראש המוסד בשנים 2014–2015, שבהן אישר ראש הממשלה בנימין נתניהו את עסקת הצוללות, מותח ביקורת על התנהלות ראש הממשלה.
"אני לא מאמין שיש סוד שגם שר הביטחון וגם הרמטכ"ל וגם ראש המוסד לא חשופים אליו", אמר פרדו בחדשות 'כאן' בתגובה לדברי נתניהו על שיקוליו לגבי מכירת צוללות למצרים.
הוא נשאל האם בתקופתו כראש המוסד פעל המוסד באופן שנתפס בעייתי על ידי הגרמנים או האם הייתה פעולה של המוסד שגרמה לגרמנים חוסר שביעות רצון, אירוע שעליו 'שילמה' ישראל באישור למכור צוללות למצרים.
פרדו הגיב, "למיטב ידיעתי, לא היה אירוע כזה. לא הייתה שום תקלה, לא בגרמניה ולא במצרים".
הוא הוסיף כי "גרסת ראש הממשלה בעניין מכירת הצוללות המתקדמות מגרמניה למצרים אינה סבירה. על האישור שישראל נתנה לגרמניה למכור צוללות מתקדמות למצרים גיליתי רק מהתקשורת".