המדינה הגישה לבג"ץ את תגובתה לעתירה נגד החלטתו המחודשת של שר המדע והטכנולוגיה, שלא למנות את פרופ' יעל אמתי לנגידה במועצת הנגידים של קרן גרמניה-ישראל.
זאת, בשל חתימתה בשנת 2002 על עצומה התומכת במי שסירבו לשרת ביהודה ושומרון.
כזכור, בג"ץ קבע ביחס להחלטתו המקורית של השר אופיר אקוניס, כי היא בטלה. רוב השופטים הורו כי הסוגיה תוחזר לשולחנו לבחינה מחודשת.
בהתאם לפסק הדין נדרש השר לשקול, במסגרת הבחינה המחודשת, את קביעת בית המשפט לפיה חתימתה של פרופ' אמתי על העצומה אינה בגדר עבירה פלילית, העובדה שמדובר באירוע בודד, חלפו למעלה מ-16 שנים מאז החתימה על העצומה וכן העובדה שהחתימה נעשתה בזמן שלא כיהנה במשרה ציבורית.
לעמדת היועץ המשפטי לממשלה ופרקליט המדינה, החלטת השר החדשה בדבר אי-מינויה של פרופ׳ אמתי אינה מיישמת כדבעי את דרישות פסק הדין בעתירה הקודמת, ועל כן היא חורגת ממתחם הסבירות. עמדה זו הובאה בפני שר המדע, אך השר נותר בהחלטתו שלא לאשר את המינוי.
"במסגרת התגובה הובהר, בין היתר, כי לאור חשיבות ההגנה על חופש הביטוי, לא כל התבטאות או מעשה בעייתיים, ודאי מקום שהם חד-פעמיים, יוכלו להוות עילה למניעת מינוי מקצועי מובהק. להחלטה כאמור עשוי להיות אפקט מצנן על מימושו של חופש הביטוי, בוודאי בעידן בו ההתבטאויות נשארות לנצח באינטרנט, באופן שעלול להרתיע אנשים מפני ביטויים בעניינים פוליטיים או שנויים במחלוקת, מחשש שאלה ישמשו נגדם בעתיד לבוא, כאשר יהיו מועמדים לתפקיד כזה או אחר", נאמר בתגובת המדינה.
עוד נכתב בה כי "השר אקוניס לייצג את עצמו בעתירה, היועץ המשפטי לממשלה החליט לאפשר לשר להביא בפני בית המשפט את עמדתו הנפרדת בכתב, כפי שהתאפשר לו בעתירה הקודמת, וכן יתאפשר לשר לטעון את טענותיו שלו באופן אישי בעל-פה בדיון שיתקיים בעתירה, ככל שיבקש לעשות כן".