אמירתו של השר רפי פרץ בריאיון לחדשות 12 הערב (מוצאי שבת) כי ביצע בעבר טיפולי המרה בבני נוער גאים, עוררה סערה במערכת הפוליטית.
ראש הממשלה בנימין נתניהו התייחס לדברים ואמר: "דבריו של שר החינוך ביחס לקהילה הגאה אינם מקובלים עליי ואינם משקפים את עמדת הממשלה בראשותי. שוחחתי הערב עם הרב רפי פרץ שהבהיר את דבריו והדגיש כי מערכת החינוך הישראלית תמשיך לקבל את כל ילדות וילדי ישראל באשר הם, ללא שום הבדל של נטייה מינית".
חברת הכנסת לשעבר זהבה גלאון אמרה, "כמה ילדים ובני נוער התאבדו בגלל 'טיפולי ההמרה' שעשית להם?" כתבה בחשבון הפייסבוק שלה. "כמה צעירים מסתובבים עם נזק נפשי בלתי הפיך בגלל גירוש השדים הנבער שכפית עליהם? שתלת בליבם סבל ושנאה עצמית בשם אידיאולוגיה של שנאת חינם ודווקא אותך נתניהו מינה לשר החינוך חרפה".
חבר הכנסת איציק שמולי (העבודה) כתב הערב בחשבון הטוויטר שלו: "מאחל לו רפואה שלמה, אין טיפול המרה חזק דיו שיוכל להבריא מדעות חשוכות, מסוכנות וגזעניות כל כך".