בית שערים הוקמה, כנראה, בימיו של המלך הורדוס, שכן שרידי הבנייה הקדומים ביותר במקום משויכים לתקופתו, אולם עדויות ארכאולוגיות ליישוב במקום יש כבר מתקופת ממלכת ישראל. בית שערים נכללה בתחומי ממלכת החשמונאים.
מאיה כרמל מרשות הטבע והגנים מספרת ששמה הוזכר בפעם הראשונה בכתביו של יוסף בן מתתיהו, והיא מתוארת כמרכז אחוזותיה של המלכה ברניקי, בתו של המלך אגריפס הראשון ונכדתו של המלך הורדוס. "מקור השם הוא, כנראה, בשערים שהיו בחומות העיר, ולפי סברה אחרת הקיפו אותה שדות שעורים. בארמית היא נקראה "בית שריי" ו"בית שרין" וביוונית – "ביסארה".
בתקופת השלטון הרומי הייתה בית שערים יישוב יהודי חשוב, אך שמה ושמעה יצאו למרחוק בתקופת המשנה והתלמוד. בית שערים הייתה מרכז גדול ללימוד התורה, והיא התפרסמה בעיקר בזכות רבי יהודה הנשיא שהתיישב בה. "רבי" שהיה ראש הסנהדרין, היה מנהיג ודמות כריזמטית מובילה בעולם היהודי בימים ההם. בזכות קשריו הרבים עם השלטון הרומי היו לו אחוזות רבות – אחת מהן בבית שערים.
בזכות רבי, שגשגה העיירה, פרחה והתפתחה, ואף שימשה בפרק זמן מסוים מקום מושב הסנהדרין (אחרי שפרעם). בימי שבתו בעיירה ערך רבי יהודה נשיא את אחת מיצירות המופת ביהדות – המשנה, והיא נחתמה בסופו של דבר בציפורי – העיר שבה התגורר ב-17 שנותיו האחרונות.
לפני מותו ביקש רבי להיקבר בבית שערים, ולא צפה את השלכות בקשתו. מקום קבורתו היה למקום מקודש, ויהודים רבים ביקשו להיקבר סמוך לו, גם משום הקרבה אליו, אבל גם משום שהשלטון הרומי אסר על קבורת יהודים בהר הזיתים.
בית שערים הייתה לנקרופוליס – לעיר מתים – ולמעשה, ל"הר הזיתים" של התקופה הרומית. לאחר פטירתו של רבי דעכה העיירה, ולמרות הקבורה המסיבית לא הצליחה לשגשג כבעבר. איכות הבנייה ירדה, ובמאה הרביעית היא חרבה ונשרפה. בשנת 1924 הגיע לאזור שיח' אברק אלכסנדר זייד, ממייסדי ארגון "בר גיורא" ואחר כך ארגון "השומר".
זייד, איש העלייה השנייה, בלט באומץ לבו ובעוז רוחו, ולכן נשלח לכל מקום שצצו בו בעיות. הוא שמר על אדמות, עזר לתושבים ועצר הטרדות מצד הבדואים והצ'רקסים. בשיח' אברק הוא הקים חווה ופיקד על הגנת היישובים באזור מטעם הקרן הקיימת לישראל. במסגרת שיטוטיו במקום ומנהגו לחפור במקומות שעבר בהם, גילה זייד פרצה שהובילה לאחת המערות, ובתוך המערה מצא ממצאים עתיקים, כתובות ועוד.
זייד פנה ליצחק בן צבי ולארכיאולוג בנימין מזר, ובעקבות זאת התגלתה בית שערים בתפארתה. זייד נרצח בשנת 1938 והונצח באנדרטה שהוצבה על גבעת שיח' אברק ב-1940. פסלו של זייד רכוב על סוסתו "דומיה" משקיף אל העמק שפעל בו ומנציח את האיש והאגדה.
בית שערים בנויה על גבעת קרטון. הקרטון הוא סלע רך, ולכן חציבת המערות בה הייתה קלה למדיי. למבני המערות כמה מאפיינים משותפים. הגישה למרבית המערות היא דרך מעין חצר פתוחה. פתח כל מערה בנוי כחזית מרשימה, מעוצבת בהשראת האדריכלות הקלסית. במרכז החזית נקבעו דלתות אבן שסובבו על ציר, והן הובילו אל אולמות קבורה תת-קרקעיים, דרך מסדרונות וחדרי חדרים. בתוך האולמות נמצאו שלל סוגי קברים, ובהם קברים חצובים, משכבי קבורה, מהמורות ברצפה וסרקופגים – ארונות קבורה גדולים מאבן, וכן ארונות מעופרת, מחרס ומעץ.
במערות הקבורה הגדולות היו מאות מקומות קבורה, ובמערות הקטנות – עשרות מקומות. הנקרופוליס מתייחדת בתבליטי הקיר בסגנון האמנות העממית המזרחית. זהו אוסף התבליטים הגדול מסוגו, וחשיבותו נובעת מהאור שהוא שופך על אופייה של היהדות בתקופה שלאחר חורבן הבית השני. על קירות המערות ועל ארונות הקבורה נחרתו עיטורים וסמלים יהודיים, ובהם מנורות שבעה קנים, לולב, אתרוג, מחתה, שופר וארון קודש. הארכיאולוגים החופרים נתנו לכל מערכת מערות קיבלה מספר סידורי.
שיטת המספור הזאת נשמרה, והיא משמשת לזיהוי המערות גם היום. בשנת 1996 מתוך רצון לקרב את הציבור אל המערות, נקבעו להן שמות לפי הממצא המאפיין אותן ("מערת הארונות", "מערות המנורה" וכדומה). המערות המרשימות הוכשרו לביקור הקהל והותקנה בהן תאורה. מתכנן הגן, אדריכל הנוף ליפא יהלום, זכה על עבודתו בפרס ישראל.
באזור הגן הלאומי בית שערים ניתן לעשות טיולים לכל המשפחה המשלבים מסלול רגלי ורכב, וסיורים בכל האתרים היהודים במקום. המקום טובל בירוק ונשקף ממנו נוף העמקים המדהים.
ועכשיו, הגן הלאומי בית שערים, מתחדש באטרקציה אורקולית מרהיבה, המציגה את סיפורו של הסמל הקדום והמשמעותי ביותר של עם ישראל: מנורת שבעת הקנים. בבית שערים נתגלו כ- 70 מנורות חרותות בסלעי הקברים היהודיים המצויים במקום, ומוערך כי נחרתו בין שנת 220 לשנת 400 לספירה.
המיצג החדש, אשר נעשה במימון של אגף מורשת, ממשרד ירושלים ומורשת, נבנה בתוך מאגר מים ענק מהתקופה הרומית שלימים שימש כסליק של ארגון "ההגנה" בימי המנדט הבריטי.
הצופה במיצג מוזמן להצטרף למסע בין תקופות ותרבויות, החל מתקופת המקרא והנדודים במדבר (המשכן), דרך התקופה הרומית (שער טיטוס) – אז נחרב בית המקדש השני, וכלה בעת החדשה עם הקמת מדינת ישראל, המתהדרת במנורה כסמל מרכזי.
במיצג נידונות השאלות מדוע נבחרה מנורת שבעת הקנים כסמל זהות לאומי וכקמע עברי, כיצד נראתה המנורה במשכן ובמקדש וכיצד נבחרה לסמל מדינת ישראל.
המיצג החדש הינו חלק ממסלול הסיור למערות המנורה, אך ניתן גם לצפות בו בנפרד בתיאום מראש ובהרשמה וליווי של מדריכי האתר. לסיורים יש להירשם בטלפון 04-9831643.