איכות אוויר טובה במיוחד נרשמה ביום הכיפורים ברוב תחנות הניטור של המערך הארצי לניטור אוויר, המפוקח על-ידי המשרד להגנת הסביבה.
עם כניסת החג ירדו באופן דרסטי ריכוזי תחמוצות החנקן - המהווים סמן לזיהום אוויר מכלי-רכב - בתחנות התחבורתיות בחיפה, בגוש דן ובירושלים. ריכוזי תחמוצות החנקן ביום הכיפורים בתחנות התחבורתיות בערים הגדולות עמדו על ערכים שבין 8.5 ל- 24.3 חלקים לביליון (חל"ב).
השיפור המשמעותי באיכות האוויר ביום הכיפורים מדגים את ההשפעה של התחבורה כמקור העיקרי לזיהום האוויר במרכזי הערים הגדולות.
לשם השוואה, בערב יום כיפור בשעות הבוקר, הגיעו הריכוזים ברחוב העצמאות בחיפה תחתית עד ל-117.7 חל"ב כאשר ביום כיפור הריכוז המרבי שנמדד היה 24.3. במרכז ירושלים נרשמו ריכוזים של עד 116.7 בערב יום כיפור, ו-10.4 ביום כיפור עצמו.
במרכז ת"א ירדו הריכוזים מ-74.2 בערב יום כיפור ל-11.0 ביום כיפור. גם ריכוזי הבנזן, שמקורם בתחבורה, ירדו בתחנת הדר - בית הקרנות בחיפה מ-0.43 ל-0.27 ובתחנת בר אילן בירושלים מ-0.35 ל-0.11.
כמו בכל יום כיפור, הירידה הדרסטית חלה רק בתחמוצות חנקן ובמזהמי אוויר הנפלטים מתחבורה. עבור חלקיקים העוברים בדרכי הנשימה, שחלקם ממקור טבעי וגם במזהמים שניוניים, אין בהכרח ירידה ביום הכיפורים.