לפני תקופה נסע הרב יעקב קולדצקי לארצות הברית שם פגש חולה קורונה מאומת ללא ידיעתו.
עם חזרתו לארץ החל לפתח תסמינים ונמצא חיובי לנגיף. במשך תקופה ארוכה אושפז בבית כאשר בסיומה חלה הרעה משמעותית במצבו וביום שלישי האחרון נפטר.
הרב הותיר בביתו שלושה ילדים שטרם נשאו וחובות רבים שאיש מלבדו לא ידע על קיומם.
תושבי שכונת רמת אלחנן מספרים על דמות אצילית וקורנת שכיבדה כל אחד ללא משוא פנים.
במשך שנים זכה ללמוד בחברותא עם גדול הדור הרב אלישיב זצ"ל והיה מקורב אליו מאוד. בנוסף לשקידתו העצומה בתורה, התברך באהבת אדם מיוחדת ונהג לעשות מעשי חסד גדולים בצניעות וענווה.
כאמור, לפני תקופה נסע לארצות הברית וכשחזר לארץ התגלה כי נדבק בנגיף. הרב יעקב הועבר לתל השומר ואושפז במחלקת קורונה. במהלך חג הפסח חלה הידרדרות במצבו ובני משפחתו הוסיפו לו את השם 'רפאל' כסגולה להחלמה.
פעילות חיזוק נערכה לזכותו בשכונת רמת אלחנן בבני ברק. תושבים רבים שנעזרו בו בעבר העתירו בתפילה להחלמתו, אך ביום שלישי בלילה נמסרה הידיעה על פטירתו.
מספרים עליו כי היה אדם מאיר פנים שהעביר על מידותיו והקפיד שלא להגיע למידת הכעס. לאחר פטירתו נדהמה המשפחה לגלות כי הוא נשא על כתפיו חובות עצומים בלא לשתף איש בדאגותיו. כעת, נאלצים אשתו וילדיו להתמודד עם מצוקה כלכלית קשה.
אחיו, הרב יצחק קולדצקי, חתנו של הרב חיים קנייבסקי, פרסם מכתב המלצה עליו חתום חמיו. בין דבריו פרט בשבח אחיו המנוח והרעיף ברכות על מי שיתרום למשפחה:
"והיה עובד ה' ובעל ייסורים שקיבל באהבה... ומצווה רבה לסייע לאלמנה וליתומים שלא תתמוטט המשפחה ר"ל, וכל המסייעים יתברכו מן השמיים מאבי יתומים ואלמנות, בשפע ברכה והצלחה, ובריאות הגוף והנפש, ונחת, ודורות ישרים ומבורכים, ואורך ימים ושנים, וכל טוב סלה"