בפרק העוסק בחינוך החרדי ובפיקוח עליו הצביע מבקר המדינה על פערים אדירים בין כחצי מיליון תלמידי המגזר, שרובם אינם לומדים את תוכנית הליבה, לבין האוכלוסייה הכללית.
המבקר מצא מחסור חמור במורים גברים חרדים למקצועות הליבה. במוסדות החינוך לבנים מלמדים גם מי שאין להם תעודת הוראה. מעט עו"ה חרדיים משתתפים בהשתלמויות שעורך משרד החינוך.
עוד הצביע המבקר על מחסור בספרי לימוד עדכניים מאושרים ומותאמים למגזר החרדי. בבתי ספר חרדיים משתמשים בספרי לימוד לא מאושרים, ולמשרד החינוך אין מידע מסודר בנושא.
משרד החינוך אינו מפקח פיקוח מיטבי על מוסדות "הפטור", המתוקצבים בכ-250 מיליון ש"ח בשנה.