בעקבות הדחתו של הרודן הסודני עומר אל באשיר, ופעילותה של הממשלה החלופית, מנסה השלטון החדש לשקם את המדינה ולרפא את השסעים המפרידים בין האוכלוסיות השונות בה.
בתקופתו של אל באשיר, בוצעו בסודן מעשי טבח, ונוהלו מאבקים עקובים מדם בין כוחות הבטחון ובין ארגוני מורדים באזורים שונים ברחבי המדינה, ובעיקר באזור דרפור המפורסם בו נטבחו מאות אלפי בני אדם במהלך מבצע טיהור אתני שבוצע על ידי באשיר.
כיום פעילים ברחבי המדינה לפחות שבעה ארגוני מורדים, ואתמול הצליחה הממשלה להגיע להסכם שלום עם חמישה מהם.
במסגרת ההסכם התחייבה הממשלה לשלב את המורדים נושאי הנשק בכוחות הבטחון, להעניק לציבור המיוצג על ידי הארגונים הללו רבע מהמקומות בפרלמנט הזמני, שלושה חברים במועצת הממשל הזמנית וסכומי עתק של 750 מיליון דולר מדי שנה, למשך עשר שנים, כהשקעה בתשתיות המוזנחות באזורי המחיה שלהם.
הסכסוך בסודן הוא אתני בעיקרו, ואינו דתי. הוא מתנהל בין מוסלמים למוסלמים אחרים, כשאלו הם ערבים שהגיעו לסודן והתיישבו בה לפני דורות רבים עד שהפכו לכח המוביל במדינה, והללו הם ילידים אפריקאים שחורי עור שהפכו למיעוט נרדף על אדמתם שלהם.
בדרום סודן התקיימה קהילה גדולה של נוצרים ממוצא אפריקני שמרדו גם הם בעומר אל באשיר, אבל הם כבר זכו לעצמאות לפני מספר שנים, הודות ללחץ בינלאומי כבד מאוד שהופעל על באשיר בהובלתן של מדינות נוצריות.
מבין שבעת ארגוני המורדים, חמישה חתמו על הסכם השלום ההיסטורי, ושניים עדיין נשארים בעמדתם הקודמת לפיה אין כל סיבה לסיים את הסכסוך.
לפחות אחד מהארגונים הללו הבהיר כי מבחינתו הדרישה העיקרית היא חקיקת חוקה חדשה שתכריז כי סודן היא מדינה חילונית, שאינה מחויבת לחוקי השריעה האסלאמית, בשונה מהמצב הקיים כיום.
כיום חוקי האסלאם הם חוקים מחייבים בסודן ומערכת המשפט האזרחית מחויבת לפסוק על פיהם ולהעניש את מי שחורגים מהם.