ש"ס טענה כי ההסכם בין שינוי למפד"ל יש בו כדי לפגוע פגיעה אנושה בצביונה היהודי של המדינה. היא אף כינתה אותו "הברית החדשה". לדבריהם, ההסכם בעניין פסולי החיתון הוא בגדר מתן היתר לנשואי תערובת ועידוד ההתבוללות בעם היהודי.

ביקורת חריפה על ההסכם בין המפד"ל לשינוי מתח חבר הכנסת הרב ישראל אייכלר מיהדות התורה. אייכלר אמר לערוץ 7 כי מבחינה פוליטית המפד"ל ריבונית להחליט להיכנס לקואליציה והוא אינו רואה בעיה בהסכם שלה עם הליכוד. הבעיה, אומר אייכלר, היא בהסכם שבין שינוי למפד"ל, הגורם לכך שהמפד"ל בעצם חוברת אל "משנאי השם", כלשונו, ופועלת עמהם לפגוע בכספיהם של לומדי התורה ושל ילדי המצוקה. אייכלר הביע תקווה כי ציבור הבוחרים של המפד"ל ורבניה יפעלו נגד ההסכם בין שינוי למפד"ל, שעיקרו החלטות נגד הציבור החרדי. אייכלר הזהיר כי אם באמת תקום ממשלת שינוי מפד"ל וליכוד נגד היהדות החרדית הדבר יגרום לקרע היסטורי בין הציבור החרדי לבין הציבור הציוני. בשל שיתוף הפעולה עם שינוי כל המאמצים למצוא שפה משותפת בין הציבור החרדי ליהודים הלאומיים נתונים בסכנה של ריסוק בגרזן, אמר אייכלר.

גם הרב בני אלון מהאיחוד הלאומי אומר כי הוא רואה בעיה מוסרית בישיבה בממשלה עם יו"ר שינוי טומי לפיד וללא המפלגות החרדיות.

בשיחה לערוץ 7 אמר הרב אלון: "הקמת ממשלה בלי חרדים עושה לי צביטה בלב מבחינה מוסרית". לדבריו, בתקופת הבחירות התבטאו לפיד וחברו למפלגה פריצקי באופן גזעני ומכוער כלפי הציבור החרדי, ולכן הוא רואה פגם באפשרות להקים כעת ממשלה ללא חרדים אבל עם שינוי. אלון הוסיף כי שיטות הפעולה של שרון לניהול מגעים עם המפלגות והתנגדותן של כמה מהמפלגות להסכים על גוש חוסם ימני גרמו לכך ששרון הצליח לפעול בשיטת הפרד ומשול וליצור אווירה של חשש בקרב כל המפלגות: מי שלא ירוץ ראשון עלול להפסיד.