ראש הממשלה בנימין נתניהו הגיש לבג"ץ את תגובתו לעתירות ארגוני השמאל בעניין הסדר ניגוד העניינים שלו סביב המינויים במערכת אכיפת החוק, וטען כי אין כל מניעה שהוא יעסוק בהליך פיצול תפקיד היועץ המשפטי לממשלה הבא ובבחירת שופטים חדשים לעליון.
פרקליט נתניהו טוענים כי ליועץ המשפטי לממשלה אין סמכות "להכריז על ראש הממשלה כמצוי בניגוד עניינים, אין בסמכותו בכדי לכבול את ראש הממשלה, אין בסמכותו בכדי למנוע מראש הממשלה מלבצע תפקידיו שבדין הקבועים בחקיקת היסוד".
נתניהו הודיע כי הוא מקבל "מיוזמתו, כי למען הנראות הציבורית, הוא לא יתערב במינוי יועץ משפטי לממשלה, פרקליט המדינה ומפכ"ל המשטרה והוא מקבל על עצמו את האמור בחוות הדעת, למעט ההגבלות הנוגעות לחקיקה, והגבלות הנוגעות לשיטת המינויים".
עם זאת, עורכי דינו של נתניהו טענו כי "אין כל מקום להגביל את ראש הממשלה בענייני חקיקה בעלת השפעה על ההליך הפלילי. ההגבלות שחלות על ראש הממשלה בענייני חקיקה הן ההגבלות על-פי כללי האתיקה של חברי הכנסת. הגבלות אלו אינן עניין להליך דנן העוסק בהסדר ניגוד העניינים המינהלי".
"אין כל מניעה שראש הממשלה יוביל מהלך של פיצול תפקיד היועץ המשפטי לממשלה הבא מתפקיד ראש התביעה הפלילית. מדובר בסוגייה עקרונית שאינה קשורה כלל ועיקר להליך הפלילי כנגד ראש הממשלה", נכתב.