רבים ממבקרי האקטיביזם השיפוטי נוהגים להביא כמקרה בוחן את נושא ההתערבות המשפטית של בג"ץ במדיניות המלחמה בטרור. דוגמה מובהקת לחציית הקווים של הרשות השופטת אל מחוזות שבהם הייתה אמורה לפעול באופן מרוסן בהרבה, הן מהסיבה שהחלטות בנדון עלולות לגרום לשפיכות דמים והן מהסיבה שהן משרתות ביודעין את אויבי ישראל.
יחד עם זאת האמירה "בג"ץ מגן על מחבלים" היא אמירת ביקורת קשה. קשה לא פחות מאמירתו של יצחק רבין "האגודה לזכויות חמאס" שאותה הטיח באגודה לזכויות האזרח, בשל עתירתה לבג"ץ נגד גירוש 415 אנשי חמאס ללבנון בשנת 1992. אהרן ברק, ששימש אז כשופט עליון תורן, הוציא צו מניעה שעצר את הגירוש ופתח מרתון דיונים בהול על המשכו. הגירוש אומנם אושר לבסוף, אך סאגת הדיונים המשפטיים והציבוריים שליוותה אותו רוקנה מן המעשה כל מוטיב הרתעתי ורק האדירה את תדמית המחבלים. לאחר מכן בג“ץ כבר שלל לגמרי את סמכותו של צה"ל לבצע גירושים מנהליים מטעמי ביטחון כדי שהוא בלבד יחליט בנושא.
עשור לאחר מכן, בחודש מרץ 2002, קרוב ל־140 ישראלים נרצחו בפיגועי התאבדות. זאת לאחר שנתיים שבהן מאות ישראלים נרצחו בפיגועים. הקש ששבר את גב הגמל היה פיגוע במלון פארק בנתניה שבו נרצחו 30 בני אדם. בעקבות כך יצאה ישראל למבצע חומת מגן. לא רבים יודעים, אבל עם כניסת חיילי צה"ל לשטחי הרשות הפלשתינית נפתחת חזית נוספת לבלימת הלוחמים.
עשרות עתירות לבג”ץ הוגשו על ידי ארגונים שונים בזמן הלחימה במבצע, וברובן דנו שופטי בג"ץ בלב פתוח ובנפש חפצה. את הדוגמה המובהקת ביותר לטירוף המערכות אפשר למצוא בדיון שהתקיים תוך כדי מצור על 50 מחבלים שהתבצרו בכנסיית המולד בבית לחם. משא ומתן שלם התקיים תוך כדי הכתר בין כוחות צה"ל ובין... שופטי בג"ץ. חברי הכנסת אחמד טיבי ומוחמד ברכה, אשר חתומים על העתירה, ידעו היטב שאם קיימת דרך לבלום את מגיני דוד הלוחמים בטרור, הרי שיוכלו לעשות זאת רק באמצעות הפטיש בירושלים. כך צה”ל נאלץ תוך כדי כיתור לאפשר הכנסת מים ומזון למחבלים בהוראת בג"ץ.
מאז אין מבצע שארגונים במימון ממשלות זרות וחברי כנסת אנטי־ציוניים לא עותרים לבג"ץ. בג"ץ הוא חלק אינטגרלי במאבק נגד צה"ל. כך נעצרו הסיכולים הממוקדים ונוהל שכן, וכך הפכה הריסת בתי מחבלים מגורם מרתיע לגורם ממריץ.
רוב הריסות בתי המחבלים כיום מתמצות באטימת חדר או בהריסת מרפסת או מרתף. במאות מקרים צה"ל הגיע למדוד בתי מחבלים שרצחו או היו מעורבים ברציחת ישראלים, אך לא חזר לבצע. צה"ל מכיר את הרוח הנושבת מבג"ץ. כך יודע כל מחבל פוטנציאלי שהמחיר שיצטרך לשלם על רציחת ישראלי הוא לכל היותר אטימת חדר בביתו.
על הגאוותנות של שופטי העליון לדון בכל נושא ותחום הגן אהרן ברק בסרט הדוקומנטרי 'השופט' במילים הבאות: "אני לא רופא, אבל יש לי כלים לדעת מתי רופא התרשל. אני לא רמטכ”ל, אבל יש לי כלים לדעת מתי רמטכ”ל ביצע את תפקידו באופן לא ראוי. זה המקצוע שלי". תפיסתו של אהרן ברק שגויה מיסודה. אין דבר כזה אדם שיכול לשפוט בכל תחום בלי לשפוט מתוך השקפת עולמו הסובייקטיבית במקום על פי החוק. בוודאי כאשר משתמשים במושגים בלתי מדידים במהותם, כגון מבחן הסבירות או מבחן המידתיות.
יש לזכור, מדינת ישראל נוסדה כמדינה בעלת משטר דמוקרטי. מקום שבו קומץ נאור בעיני עצמו קובע את החוק, את המדיניות, את המינויים ואת אופייה של המדינה במקום נבחרי העם נקרא איראן. ובמשטר שכזה אף אחד מאיתנו לא מעוניין לחיות. ובעודנו מתקרבים לדיון על חוק יסוד הלאום, כדאי לשנס מותניים ולזעוק בכל הכוח אל עבר שופטי בג"ץ: אין לכם סמכות. עצרו וחשבו מסלול מחדש.
הכותב הוא יו"ר תנועת 'אם תרצו'