מיד עם סיום תפילת הצהריים, החלה התפרעות בהר הבית על ידי מאות צעירים שכללה ידויי אבנים והשלכת בקבוק תבערה לעבר הכוחות.
המתפרעים קראו קריאות לעבר השוטרים: "אנחנו אנשי מוחמד דיף".
בעקבות כך הורה מפקד מחוז ירושלים, ניצב דורון תורג'מן לכוחות המשטרה להיכנס להר הבית ולטפל במתפרעים שבסמוך לנקודת המשטרה שבמקום, ובמקביל התאפשרה יציאת בלתי מעורבים בהתפרעות מרחבת הר הבית דרך השערים.
מפקד מחוז ירושלים נמצא במקום ומפקד על כלל הכוחות הפרוסים בהר הבית.