קשר מיוחד וקרוב היה לראי"ה קוק עם מייסד המושבה בני ברק הרב יצחק גרשטנקורן.

כשנפגשו לראשונה כתב גרשטנקורן, "וכמה גדולה הייתה השתוממותי למראה עיני בביקורי הראשון אצל הרב קוק זצ"ל בביתו, ראיתי לפני צדיק קדוש מן המועטים שבדור, כמה צדקות, כמה אצילות נסוכה הייתה על קלסתר פניו הקדוש! כמה פשטות שבענווה טבועה הייתה בכל תנועה מתנועותיו, כמה היה פה קדוש זה מפיק מרגליות כמעיין נובע תורה ויראת שמים, חבת הארץ ואהבת ישראל. רבה הייתה התפעלותי באותה שעה מכל דבר ודבר שיצא מפיו הקדוש, הן בתורה והן בחכמה דברים ערומים ביראה, כמפי גאון קדמון".

"ובאמת מי שלא ראה דבקותו של אותו צדיק בשעה שהיה עומד ומתפלל, מי שלא זכה ליסב לשלחנו ב'שלוש סעודות' אינו מסוגל לדמות בעצמו תואר פניו הקדושים. מתפעל הייתי מזהירותו היתירה בכבוד אב ואם, מעשה בלתי מצוי בדורנו. יכול היה ליישב שקוע בשיחה בדברים העומדים ברומו של עולם עם גדולים ואנשי שם היושבים מסביב לו, כשנכנס אביו הישיש, תלמיד חכם גדול, לחדר, היה מפסיק משיחתו באמצע, קם ועומד מלא קומתו ולא היה יושב עד שישב אביו", הוסיף.

בפגישה זו התחיל הקשר הרצוף בינו לבין מרן הרב קוק, וכך מספר הרב יצחק: "אחרי הפגישה הראשונה הייתי לבן בית אצל הרב קוק זצ"ל. שומע היה הרב קוק בעניין רב על תוכניותי. בביתו נפגשתי עם טובי ירושלים ויקירה, מזקני החסידים שהיו נוסעים לגדולי האדמו"רים בפולין. לאותו שבת הגדול הזמין אותי הרב להיות אורח על שולחנו, ומאותה נסיעה ואילך נעשיתי מקורב אליו בלב ונפש".

לא קלה הייתה דרכו של הרב יצחק. ואתגרים רבים נכונו לו בייסוד העיר בני ברק. בזמניו הקשים – מצא לו אוזן קשבת אצל מרן הרב קוק, כפי שמספר בזכרונותיו: "הגאון הנ"ל היה למאור עיני ולמורה דרכי באמונה שלמה בהתקשרותנו לבני ברק בכל זמן ועידן. בימים הכי קשים והנוראים כשנסעתי לירושלים לשפוך את רוחי ונפשי לפני כותל המערבי לא חסרתי אף פעם מלבקרו בהיכל קדשו. ההתחזקות והעידוד שקבלתי ממנו היו לי למרפא נפש".

משה נחמני, מספר בספרו 'חלוצים בציון' תיאור מרהיב של חנוכת בית הכנסת החדש במושבה בני ברק בשנת תרפ"ח.

"ביום ראשון, כ"ד באלול תרפ"ח (1928) חנכו אנשי בני ברק את ביהכנ"ס הגדול החדש, במעמד מפואר. אל החגיגה הוזמנו אורחים רבים ואישים רמי מעלה, ובראשם מרן הרב קוק. לאחר שנסתיימה בבית הכנסת "הישן" והעראי כתיבת ספר התורה החדש, נערכה תהלוכה באבוקות בשירים וריקודים לבית הכנסת החדש, שהבהיק מרחוק ומגבעה גבוהה באורות החשמל שלו ושנבנה מתרומת התושבים ונדבנים שונים".

"ראש הרבנים הגרא"י קוק והרב הישיש ר' מנחם אוירבך מירושלים, הרבנים הראשיים מתל אביב ועוד רבנים ומנהיגי החרדים מן הסביבה השתתפו בתהלוכה. הרבנים נשאו את ספרי התורה בריקודים תחת אפריון. הרבנים נגשו אל פתח בית הכנסת והרב קוק נתק את השרשרת. הדלתות נפתחו לרווחה ובית הכנסת היפה והיציעות נתמלאו אדם עד אפס מקום. אף הכיכר לרגלי בית הכנסת המה מרוב אדם. החזן מפתח תקוה בלווית מקהלה פתח בשירת מזמורי תהלים ופסוקים מענייני דיומא ואחר כך התחילה פרשת הנאומים", נכתב בספר.

יצחק גרשטנקורן נאם בטקס זה ואמר, "בלב מלא שמחה מתכבד אני לפתוח חגיגת חנוכת בית הכנסת בבני ברק. שמחה זו אינה רק של בני המושבה, כי אם שמחת עם ישראל כולו. בניינינו בגולה אינם אלא בנייני עראי אבל בנייני הצבור בא"י הם בנייני העם, בניינים של קבע".

"היו לנו היום שתי שמחות. שמחת התערוכה, שהראתה מה שאפשר לעשות בארצנו – אם רק רוצים באמת לעשות, ושמחת סיום חג התורה. מעין שתי השמחות יש לכאורה בכל העולם. ואולם החידוש אצלנו היא האיחוד שבין שתי השמחות האלה. אצלנו קודש וחול מתמזגים ומתלכדים יחד, כי גם החול העוסק בבנין הארץ הקדושה הוא גם כן קודש לה'. אין הבדל בין עבודה לעבודה. לומדים דף גמרא – וחולבים את הפרה. שמחה של מצווה מתערבת עם שמחת חולין. חיי יצירה ועבודה ביחד עם למוד התורה ושמירת התורה ומצוותיה. זהו קדוש השם הגדול שבחיינו ובעבודתנו פה. וזה מה שנתבטא בשתי השמחות של היום", סיכם.