ראש הממשלה נפתלי בנט שנסע בליל שבת לנהל מקרוב את המבצע לאיתור המחבלים הנמלטים, קיבל את ההחלטה ''מהרגע להרגע'', ושהה בחפ"ק של ארגוני הביטחון עד השעה שלוש לפנות בוקר.
כדי לצמצם בחילול שבת, בנט נסע רק עם המזכיר הצבאי לראש הממשלה ובלי שאר הפמלייה המלווה את בנט בשאר ימות השבוע.
תומכי נתניהו ברשתות החברתיות תקפו במהלך השבת את החלטת בנט לנסוע בשבת, וטענו כי מדובר בחילול שבת מיותר וכי נוכחותו של ראש הממשלה בחפ"ק לא תורמת לחיפושים אחר המחבלים.
שר התקשורת יועז הנדל (תקווה חדשה) הגיב: ״הבנתי שהיה דיון על הלכות שבת, אני מבין שהדיון נבע מכאלה שלא היו בחיים בשטח ולא נלחמו מעולם אבל בכל זאת תפקידו של ראש ממשלה, של השרים, של מפקדים זה להיות בשבת, זה אפילו חובה.
''חובה עליהם להיות במקומות האלה, לחלל שבת ולהיות שם. בשבת זה חובה על כל מי שמנהל מערכת כזאת או אחרת שעוסקת בהצלחה חיים בביטחון מדינת ישראל להיות במקומות האלה. אני שמח שראש הממשלה לקח פיקוד והגיע לחפ''ק כדי לעקוב מקרוב אחרי המבצע, זה חשוב, יש משמעות גדולה לרוח המפקד ולעובדה שאנחנו נמצאים שם עם הכוחות בשטח וכך צריך לנהוג ואנחנו ננהג כך גם בעתיד״.
שר הדתות מתן כהנא (ימינה) הגיב גם הוא למתקפה מצד תומכי נתניהו: ''לכל המלעיזים, שישה מחבלים שברחו מבית כלא ומסתובבים חופשי זה פיקוח נפש. ראש ממשלה דתי ושומר שבת, לא רשאי אלא חייב לנהל את המערכה בשבת או בכל יום אחר בשנה. אם הוא לא היה פועל כך זה היה חילול ה' ומעילה בתפקידו כלפי עם ישראל ומדינת ישראל. מחזק את ידי כוחות הביטחון. שבוע טוב''.