איכות אוויר טובה מאוד נרשמה ביום הכיפורים בכל תחנות הניטור של המערך הארצי לניטור אוויר, המפוקח על-ידי המשרד להגנת הסביבה.
עם כניסת החג ירדו ריכוזי תחמוצות החנקן - המהווים סמן לזיהום אוויר מכלי-רכב – ברוב התחנות התחבורתיות בחיפה, בגוש דן ובירושלים. ריכוזי השיא של תחמוצות החנקן ביום הכיפורים בתחנות התחבורתיות בערים הגדולות עמדו על ערכים שבין 0.5 ל-12.8 חלקים לביליון (חל"ב) – ערכים נמוכים מאוד ביחס לערך הסביבה החצי-שעתי העומד על 500 חל"ב.
השיפור המשמעותי באיכות האוויר ביום הכיפורים מדגים את ההשפעה של התחבורה כמקור העיקרי לזיהום האוויר במרכזי הערים הגדולות. לשם השוואה, בערב יום הכיפורים (רביעי) בשעות הבוקר, הגיעו ריכוזי השיא ברחוב העצמאות בחיפה תחתית עד ל-90.5 חל"ב כאשר ביום הכיפורים הריכוז המרבי שנמדד היה 4.8 חל"ב; במרכז ירושלים (דבורה הנביאה) נרשמו ריכוזי שיא של עד 74.8 חל"ב בערב יום הכיפורים, ו-14.7 חל"ב ביום הכיפורים.
בלב ת"א ירדו ריכוזי השיא מ-57.6 חל"ב בערב החג ל-3.4 חל"ב ביום הכיפורים. בפ"ת ירדו ריכוזי השיא מ-92.9 חל"ב בערב יום כיפור ל-3.5 חל"ב ביום הכיפורים. גם ריכוזי הבנזן הנמדדים בתחנות התחבורתיות, ירדו בתחנת בר אילן בירושלים מ-0.38 חל"ב ל-0.03 חל"ב ובתל אביב מ-0.52 חל"ב ל-0.07 חל"ב.
תחנות הכוח עובדות ביום הכיפורים בעומס נמוך מעט מהרגיל, והתעשייה הגדולה בישראל עובדת כרגיל - ולכן בתחנות הסמוכות לתעשייה לא ניכרות השפעות מהותיות בירידת זיהום האוויר בחלק מהמזהמים. כך למשל בניידת 6, הממוקמת במשרד הרישוי בחיפה מול מתחם בז"ן, לא נרשמה ירידה בערכי הבנזן בשיא.
כמו בכל יום כיפור, הירידה חלה רק בתחמוצות חנקן ובמזהמי אוויר הנפלטים מתחבורה. עבור חלקיקים העוברים בדרכי הנשימה (PM 2.5 ו-PM 10), שחלקם ממקור טבעי וגם במזהמים שניוניים (כמו למשל אוזון), אין בהכרח ירידה ביום הכיפורים.