במהלך הלילה, נכנסו כוחות צה"ל, ימ״מ ושב״כ למרחב ג'נין, ביצעו פעולות בידוד וכיתור ולכדו את המחבלים הנמלטים.
למבצע סייעו בפעילות משותפת מאמץ מודיעיני וגם כלי טיס מטייסת 100 מחיל האוויר וצוותים של יחידה 9900 מאגף המודיעין.
החל מערב ראש השנה טסו צוותים מטייסת 100 בשיתוף עם צוותים של 9900 וסייעו בחיפושים אחר המחבלים שנמלטו מכלא גלבוע.
הצוותים עסקו במשימות שונות שתרמו להצלחת לכידת המחבלים, וביניהן משימות חוזי, צילום, איסוף מודיעין, וכן ליווי הכוחות בשטח במהלך המבצע למעצרם.
התפקיד המרכזי של הפעילות המשותפת לטייסת 100 ויחידה 9900 במבצע היה להיות "העיניים מהאוויר" של הכוח הקרקעי.
שני מטוסי צופית של הטייסת המצוידים בסנסורים איכותיים השתתפו בפעילות אמש והלילה (ראשון) כאשר אחד מהמטוסים עסק בצילום מהאוויר מגובה, והמטוס השני עסק בממסר והעברת מידע בין החפ״ק, בפיקוד מח"ט מנשה לכוחות הקרקע בשטח.
הצוותים סייעו בהפללת האיתור בו שהו שני האסירים, 'סגר' פאה של מבנה וסרק את השטח על מנת להתריע מפני איומים. בנוסף, זיהו הצוותים ניסיון של האסירים הנמלטים לברוח דרך הגג וכן סייע לכוח באיתור הפרות סדר ובאיתור חסימות בציר הנסיעה המתוכנן של הכוח.
הערב (ראשון) הוארך בעשרה ימים מעצרם של שני המחבלים שנתפסו אמש.