"ועדת וינוגרד" השכילה לעסוק בפרק נפרד בתקופה הקריטית שבין הנסיגה החד צדדית של ברק מלבנון ועד המלחמה. בדו"ח מפורטים האילוצים הביטחוניים שההיערכות החדשה הכתיבה, האילוצים הפסיכולוגיים של ההנהגה הפוליטית שנרתעה לחזור ל"בוץ הלבנוני" ימים ספורים אחרי היציאה משם, למרות המציאות הגרועה בהרבה שהחלה להתגבש על הגבול והמחדלים הצבאיים הטכניים של צה"ל בהיערכות מול האיומים.
אחד הגורמים שחסרים בהתייחסות הוועדה הוא הקשר שבין ההעזה והחשק של ערפאת וערביי ישראל להדליק את החזיתות מול ישראל לבין ההתקפלות מלבנון
חטיפת שלושת החיילים ב-7 לאוקטובר 2000 אירעה כשישראל הייתה שקועה במלחמה חדשה בשתי חזיתות: מלחמת אוסלו שפרצה בשטחי יש"ע והמרד בקרב ערביי ישראל. במצב כזה, היה הגיון בגישה של אהוד ברק שמוטב לדמם ולהרוויח זמן בגבול הצפון, ולא לפתוח חזית לחימה בהיקף מלא עם החיזבאללה כל עוד לא התייצבו החזיתות החדשות.
אחד הגורמים שחסרים בהתייחסות הוועדה הוא הקשר שבין ההעזה והחשק של ערפאת וערביי ישראל להדליק את החזיתות מול ישראל לבין ההתקפלות מלבנון. אף מילה על הלחצים הפוליטיים מצד ארגוני השמאל והתקשורת שדחפו את ברק לביצוע הנסיגה ועל תגמול החנופה שקיבל מהם לאחריה. אין אזכור לקשר המשולש שבין התדמית של ישראל כקורי עכביש, בפי נסראללה לאחר הנסיגה, ולהשפעה התודעתית של הרושם הזה לפתיחת החזיתות החדשות שמנעו מצידן טיפול בגיזרת לבנון המתחממת.
בכל מקרה, לקח לישראל, בתקופת ברק ואחריו שרון, יותר משלוש שנים להרגיע את החזית הפלשתינית ולבלום את נחשול הטרור משטחי יש"ע. הרושם העולה מהדו"ח הוא שדחיית ההיערכות והטיפול בחיזבאללה הייתה כורח המציאות, כל עוד החזית הפלשתינית לא נרגעה.
אבל, החל מאמצע 2003 נגמרו התירוצים. עמוד השדרה של הטרור ביש"ע נשבר דווקא בגלל חידוש "הכיבוש" וכניסת צה"ל לערי המקלט ביו"ש שאפשרה את ההרס השיטתי של תשתיות הטרור. ההכרעה ביש"ע הצטרפה לפלישת ארה"ב לאפגניסטן ועיראק ויצרה באותו זמן אקלים תודעתי עולמי של הסתערות רבתי של המערב במלחמת החורמה בטרור.
באותה תקופה החלה גם להתאושש הכלכלה הישראלית מהמכה הכפולה של "מלחמת אוסלו" והמשבר הכלכלי העולמי כתוצאה מנפילת ההיי-טק בשנת 2000, ופיגועי אל קעידה בארה"ב ב-2001.
זה היה הזמן המושלם לשקם את צה"ל, להכות את החיזבאללה ואולי גם את סוריה בתיאום ושיתוף פעולה עם ארה"ב, ולשבור את בנות בריתה של איראן, האגף המזרח תיכוני של 'ציר הרשע'. כך יכולה הייתה ישראל לתרום תרומה אדירה להכרעת חזית מרכזית במלחמה בטרור העולמי, לסייע בעקיפין לארה"ב, לדכא את החזית שלה בעיראק ולבודד את איראן.
שרון עשה את ההיפך והוביל את ישראל לאסון הלאומי של "ההתנתקות". במשך שנה שועבד צה"ל למשימה שכולה הייתה נזק ביטחוני, חברתי, כלכלי והרתעתי.
במקום להתאמן על שבירת החיזבאללה, הם התאמנו על גירוש היהודים. במקום להכין לוגיסטיקה למלחמה אמיתית, הם הכינו מערכת לוגיסטית צבאית מופלאה נגד חלוצי גוש קטיף
במקום להתאמן על שבירת החיזבאללה, הם התאמנו על גירוש היהודים. במקום להכין לוגיסטיקה למלחמה אמיתית, הם הכינו מערכת לוגיסטית צבאית מופלאה נגד חלוצי גוש קטיף. במקום לגבש את העם סביב חיסול האיום מצפון, הם יצרו קרע חברתי וסדקים היסטוריים בחברה. במקום להכריע את שארית הטרור בעזה, הם נתנו לו שטח התארגנות אידיאלי. במקום להפנות משאבים לימ"חים, שמשנת 2001 לא שופרו, הם שפכו 10 מיליארד שקל על הגול העצמי של הבריחה מעזה. במקום לחסל סופית את הרשות הפלשתינית העוינת והרקובה, הם הביאו להשלטת החמאס עליה. במקום לסייע לארה"ב במלחמה המשותפת בטרור, הם גייסו את הממשל לתמיכה בבריחה מהטרור של עזה שהעלתה את המוראל של המחבלים בעיראק ועלתה, ועדיין עולה, בלא מעט דם אמריקאי.
חברי הוועדה שאמורים היו לנתח באיזמל חד את כל הסיבות והגורמים לתבוסה העלובה מול החיזבאללה, הצטרפו לקשר השתיקה התקשורתי המנתק את הנזקים הקטסטרופאליים של ה"התנתקות" מכל קשר סיבתי למציאות בכלל ולמלחמה שבה הם דנו בפרט.
לאן נעלמו השנתיים האבודות 2004- 2006 שהיעדרן זועק מכל דף בדו"ח?