בפרשתנו קושיא עצומה בפשט - רק לאחר כל הציווי הארוך על המשכן בפרשיות תרומה ותצווה 'נזכרה' כביכול התורה לפתע ב-מזבח הקטורת.
"וְעָשִׂיתָ מִזְבֵּחַ מִקְטַר קְטֹרֶת עֲצֵי שִׁטִּים תַּעֲשֶׂה אֹתוֹ". מדוע לא הובא הציווי על מזבח הקטורת כבר בפרשת תרומה לאחר הארון השולחן והמנורה ? מדוע דחתה התורה את הציווי על מזבח הקטורת לאחר כל מעשה המשכן כולו?
דומה שכבר בעובדה זאת ללמד שיש בקטורת סוד גדול. סוד שאנו שבים ופוגשים אותו גם ברצונם העז של נדב ואביהוא להקטיר קטורת ביום חנוכת המזבח, בהקטרת הקטורת של אהרון הכהן להציל את העם מהמגפה, ועוד ועוד. וכך נאמר בזוהר הקדוש (ויקהל ריח ע"ב): "לית לך מלה חביבא קמי קודשא בריך הוא כקטרת".
אם נתבונן בשאר הפרשיות הסמוכות למזבח הקטורת, הנמצאות כבר בתחילת פרשת כי תשא, ניווכח שיש ביניהם מכנה משותף - מחצית השקל, הכיור, שמן המשחה, והכנת קטורת הסמים. כולן עוסקות בנושאים שאינם העבודה עצמה, אלא הכנה לעבודת המקדש. מחצית השקל לצורך קורבנות הציבור, הכיור בכדי לקדש את ידי ורגלי הכוהנים, שמן המשחה בכדי לקדש את כלי המקדש, והכנת הקטורת לצורך הקטרתה.
ניתן לומר, שבדקות, אף הקטרת הקטורת עצמה אינה עצם העבודה במקדש, כעבודת הקורבנות, אלא פעולה המאפשרת ומכינה את העבודה. הא כיצד ?
הקטורת מבטאת את הקשר הנצחי בין ישראל לאביהם שבשמים, ורמז בדבר 'קטיר' בארמית – קשר. וכך אמר רבי שמעון בר יוחאי בהאידרא זוטא – "אני לדודי ועלי תשוקתו, כל יומין דאתקטרנא בהאי עלמא בחד קטירא אתקטרנא ביה בקודשא בריך הוא". קשר שאינו תלוי באמת לאמיתו במעשיהם ובמדרגתם, אלא מצד שורש נשמתם.
על כן, בתוך הקטורת אנו מצרפים את החלבנה, שריחה רע, המבטאת אף את הפחותים בעם ישראל. "א"ר חנא בר בזנא א"ר שמעון חסידא: כל תענית שאין בה מפושעי ישראל אינה תענית, שהרי חלבנה ריחה רע, ומנאה הכתוב עם סממני קטרת" (כריתות ו:). דווקא הצירוף של פושעי ישראל מבטא שאנו באים לפני ה' לא בכח מעשינו, אלא מכח הקשר העמוק והנצחי שלנו לה' יתברך. אחד עשרה סממני הקטורת מבטאים שגם מה שנראה מחוץ לשלמות של העשר, הוא בעצם חלק מההוי-ה הא-להית.
לפני העבודה שבאה להשפיע ברכה ושפע לעולם, לפני הבקשה לסליחה בקורבנות החטאת והאדם, ועוד לפני ההודיה בקרבן השלמים, אנו צריכים ראשית לכל – להעלות מתוכנו את הקשר הפנימי והנצחי לה' יתברך. את האהבה שאינה תלויה בדבר. מתוך הקשר הזה – כל עבודת המקדש מקבלת את כוחה ומשמעותה. זאת הסיבה שאף ביום הכיפורים, קודם שאנו מבקשים סליחה וכפרה בהזאת דם הפר והשעיר בקודש הקודשים, נכנס לשם תחילה הכהן הגדול ומקטיר קטורת דקה מן הדקה בן הבדים. מכאן כוחה הגדול של הקטורת להביא לידי מחילה, ולהחיות מתים.
אף מיקום מזבח הקטורת מקשר בין כל כלי המקדש. הוא עומד בין המנורה לשולחן - בציר צפון דרום, ובין הארון למזבח החיצון - בציר מזרח מערב. כמכנה משותף וממוצע המחבר בין כולם, ואפשר שעל כן שורשו למעלה מכולם (ושורשו ב'דעת', וד"ל). בכדי לעורר את המקום הזה צריך אכן להיות ראוי לכך, בטהרה גדולה ומתוך ציווי א-לקי (לא כקורח ועדתו ועוזיה, שרצו להקטיר מתוך גאווה, ולא כנדב ואביהוא, שהקטירו אש זרה אשר לא ציווה ה').
מרן הרב קוק זצ"ל ביאר שמעלתה זו של הקטורת מתגלית בכך שאף קיומו או חורבנו של בית המקדש לא משפיע כלל על סגולתה, ועל כן אמירת פרשת הקטורת היום היא כהקטרת הקטורת בבית המקדש (ובזוהר הקדוש מצאנו כמה מעשיות מופלאות על כוחה של אמירת פרשת הקטורת).
וזה לשונו: "תכונת הקטרת היא כ"כ אצילית ורוחנית, קשורה בתכן החיים הפנימיים, באותה המדה שההשפעה החיונית הולכת מהפנים אל החוץ, מתוך חיי הנשמה לחיי הכלים, בכל המדרגות כולן. ובערך של תכן פנימי אצילי זה אין הבדל של מדרגות, ולא של זמנים. לא פעל ע"ז שום רשם כל ענין של חרבן, ואין הבדל ביחש זה בין זמן שבית המקדש קים לזמן החרבן, מפני שהתכן הפנימי איננו יורד מגדולתו ואיננו מקבל שנויים" (עולת ראיה א' עמ' קלה).