התכנית "היהודים באים" עוררה התנגדות רבה בקרב ציבור המאמינים בישראל במהלך ארבע עונותיה, ולפני כשנה וחצי אף התקיימו הפגנות נגד שידור התכנית המבזה את התנ"ך וגיבוריו.
"יש במדינת ישראל כל כך הרבה אור וטוב ואנשים שאוהבים את ריבונו של עולם ושמחים בתהליך הגאולה. אסור לתת לכמה אנשים קטנים שלא מכירים את מעלתו של עם ישראל לפגוע בנו", אמר אז ח"כ בצלאל סמוטריץ' בהפגנה.
לדבריו, "אנחנו מדברים בשם המוני בית ישראל שחובשים כיפת שמיים ואוהבים את המסורת והמורשת שלנו וכואבים את הפגיעה. אנחנו מייסדים היום תנועה גדולה שמשותפת לכל חלקי העם הנפלא שלנו ורוצה להרבות כבוד שמיים ולהרבות כבוד עם ותורת ישראל. ציוניים דתיים וחרדים ומסורתיים - בני איש אחד אנחנו".
בנוסף להתנגדות הציבורית, התכנית כמעט הורדה מהמסך בשל חילוקי דעות בין הפקת "היהודים באים" להנהלת התאגיד סביב ענייני תקציבים לתכנית, אך לאחר שמצא פתרון לעניין הכלכלי ההדורים יושבו והיא צפויה לעלות בעוד כשבועיים לעונה חדשה - חמישית במספר.
בהודעה שצורפה להכרזה על עליית הסדרה נכתב כי "אחרי ששחטו כל פרה קדושה וסירבו להיות צמחונים (או טבעונים), אחרי סערת הרגשות, ההפגנות, המחאות, העצומות, הטוקבקים והדיונים עליה בכנסת ובממשלה, חוזרת עכשיו "היהודים באים" בעונה חדשה שמבטיחה שמה שהיה קודם הוא כאין וכאפס לעומת מה שצפוי בעונה הזו".
בעונה החמישית יצטרפו דמויות חדשות. חלקן מהעבר הרחוק כמו שמשון הגיבור, ישו והמלכה עתליה, לצד דמויות מהעבר הקרוב יותר ובהם מפקד הלח"י, אברהם (יאיר) שטרן, רות דיין והשר לשעבר דוד לוי. לצידן ימשיכו לככב בעונה הזו דמויות כמו משה רבנו, שלמה המלך, דוד בן גוריון, יצחק רבין, יצחק שמיר ורפול.
העונה החדשה תכלול גם פרק מיוחד שיתמקד כולו באירועים סביב הפילוג ומלחמת האחים בעם ישראל, והפיצול בין ישראל ליהודה שיוצג באור חדש ולא צפוי.