ישיבת הממשלה דנה בשילוחם לחופשי של מאות מחבלים ונמשכה שעות ארוכות. בסופו של דבר הוחלט בה לקבל את הצעתו של ראש הממשלה להקים ועדת שרים שתאשר את שחרור האסירים. ההחלטה התקבלה רק לאחר הצבעה שנייה. בהצבעה הראשונה הייתה התוצאה תיקו עם נמנע אחד, שר המדע מודי זנדברג.
ההכרעה הושגה בסופו של דבר כאשר יו"ר שינוי שר המשפטים יוסף לפיד שוחח עם זנדברג ודרש ממנו לשנות את הצבעתו. בהצבעת התמיכה הצטרפו אל זנדברג שני שרי ליכוד נוספים. הם שינו את הצבעתם, וכך הושגה הסכמת הממשלה להקמת הוועדה.
באשר לשחרור המחבלים אמר שרון כי קשה לשחרר אנשים שפלים היושבים מאחורי סורג ובריח, אולם כדי לחזק את הנהגתו של מחמוד עבאס יש לעשות את הדבר למרות הקושי בכך. שרים רבים, ובכלל זה שרים בליכוד, מתנגדים למהלך ואומרים כי יש להתנות שחרור אסירים בצעדים של הרשות, כגון הפסקת ההסתה.
בתום פגישה בין שר הביטחון שאול מופז לבין הממונה על חלק ממנגנונים המזוינים ברשות מוחמד דחלאן אמר מופז כי ההחלטה לאשר שחרור של כ 400 אסירים ועצירים ערבים היא "שקולה ומאוזנת". לדבריו, מדובר בצעד שמחזק את מחמוד עבאס.
מקורות ערביים טענו כי בפגישתם דרש דחלאן כי ישראל תבטל את אמות המידה לשחרור אסירים. הוא טען כי ערביי הרש"פ רואים חשיבות מיוחדת בשחרור עצירים המרצים עונשים במשך תקופות ארוכות. עוד דרש דחלאן כי ישראל תיסוג בקרוב משלש ערים ערביות ביש"ע, ובהן מרמאללה.
אחד השרים שהוזמן להשתתף בוועדה לשחרור אסירים היה שר התחבורה אביגדור ליברמן, ובתגובה להחלטת הממשלה להקים את אותה ועדה הוא אמר: "אינני מעונין להיות חלק מוועדת השרים שתאשר את שחרור האסירים, אבל כשר התחבורה אני מוכן לספק לאסירים אוטובוסים כדי לנסוע לים, ושם להטביע אותם".
במהלך ישיבת הממשלה ביטא שר האוצר בנימין נתניהו את התנגדותו לשחרור האסירים בהקראת מכתב ששלח במאי 1985. את המכתב הוא שלח בעת שכיהן כשגריר ישראל באו"ם לשר החוץ דאז יצחק שמיר בעקבות עסקת ג'יבריל, ובו הביע התנגדות חד משמעית למהלך. במכתבו ציין נתניהו כי עסקת ג'יבריל עלולה לעורר גל של רציחות נוספות ושפיכות דמים בהיקף הרבה יותר גדול. "אולי הייתה כאן הצלה של נפשות אחדות בישראל, אלא שלי ברור שהדבר נעשה במחיר הרבה נפשות אחרות, שנידונו למוות בגלל החלטה זו", כתב אז השגריר נתניהו.
השר עוזי לנדאו אמר שאין מקום לדון בקריטריונים בשחרור אסירים, משום שאסור לשחרר מחבלים כלל. לדבריו, תהיה בכך פגיעה קשה בשלטון החוק ולעג למערכת המשפטית. "שחרור האסירים אינו מחויב על פי מפת הדרכים, ואין לעשות מחוות הנוספות על כל ויתורינו, וזאת בשעה שהפלשתינים אינם מקיימים את חלקם במפת הדרכים", אמר השר לנדאו. הוא הוסיף כי אם הממשלה תצביע בעד שחרור
האסירים, הוא אישית יתנגד לכך וידרוש לפחות לקשור את שחרורם בשחרורם של יונתן פולארד ועזאם עזאם.
השר זבולון אורלב אמר כי שחרור אסירים הוא מעשה בלתי מוסרי בעליל, וציין אף הוא שהצעד אינו כלול בהתחייבויות של מפת הדרכים. "לא מגיע לאבו מאזן ודחלאן 'בקשיש' כבד שכזה. הם לא עצרו עד היום אף מחבל מהחמאס ולא פרקו מנשקו אף מחבל מהג'יהאד האיסלמי". גם השר אורלב דרש להתנות את שחרור האסירים בשחרורם של פולארד ועזאם.
ההכרעה הושגה בסופו של דבר כאשר יו"ר שינוי שר המשפטים יוסף לפיד שוחח עם זנדברג ודרש ממנו לשנות את הצבעתו. בהצבעת התמיכה הצטרפו אל זנדברג שני שרי ליכוד נוספים. הם שינו את הצבעתם, וכך הושגה הסכמת הממשלה להקמת הוועדה.
באשר לשחרור המחבלים אמר שרון כי קשה לשחרר אנשים שפלים היושבים מאחורי סורג ובריח, אולם כדי לחזק את הנהגתו של מחמוד עבאס יש לעשות את הדבר למרות הקושי בכך. שרים רבים, ובכלל זה שרים בליכוד, מתנגדים למהלך ואומרים כי יש להתנות שחרור אסירים בצעדים של הרשות, כגון הפסקת ההסתה.
בתום פגישה בין שר הביטחון שאול מופז לבין הממונה על חלק ממנגנונים המזוינים ברשות מוחמד דחלאן אמר מופז כי ההחלטה לאשר שחרור של כ 400 אסירים ועצירים ערבים היא "שקולה ומאוזנת". לדבריו, מדובר בצעד שמחזק את מחמוד עבאס.
מקורות ערביים טענו כי בפגישתם דרש דחלאן כי ישראל תבטל את אמות המידה לשחרור אסירים. הוא טען כי ערביי הרש"פ רואים חשיבות מיוחדת בשחרור עצירים המרצים עונשים במשך תקופות ארוכות. עוד דרש דחלאן כי ישראל תיסוג בקרוב משלש ערים ערביות ביש"ע, ובהן מרמאללה.
אחד השרים שהוזמן להשתתף בוועדה לשחרור אסירים היה שר התחבורה אביגדור ליברמן, ובתגובה להחלטת הממשלה להקים את אותה ועדה הוא אמר: "אינני מעונין להיות חלק מוועדת השרים שתאשר את שחרור האסירים, אבל כשר התחבורה אני מוכן לספק לאסירים אוטובוסים כדי לנסוע לים, ושם להטביע אותם".
במהלך ישיבת הממשלה ביטא שר האוצר בנימין נתניהו את התנגדותו לשחרור האסירים בהקראת מכתב ששלח במאי 1985. את המכתב הוא שלח בעת שכיהן כשגריר ישראל באו"ם לשר החוץ דאז יצחק שמיר בעקבות עסקת ג'יבריל, ובו הביע התנגדות חד משמעית למהלך. במכתבו ציין נתניהו כי עסקת ג'יבריל עלולה לעורר גל של רציחות נוספות ושפיכות דמים בהיקף הרבה יותר גדול. "אולי הייתה כאן הצלה של נפשות אחדות בישראל, אלא שלי ברור שהדבר נעשה במחיר הרבה נפשות אחרות, שנידונו למוות בגלל החלטה זו", כתב אז השגריר נתניהו.
השר עוזי לנדאו אמר שאין מקום לדון בקריטריונים בשחרור אסירים, משום שאסור לשחרר מחבלים כלל. לדבריו, תהיה בכך פגיעה קשה בשלטון החוק ולעג למערכת המשפטית. "שחרור האסירים אינו מחויב על פי מפת הדרכים, ואין לעשות מחוות הנוספות על כל ויתורינו, וזאת בשעה שהפלשתינים אינם מקיימים את חלקם במפת הדרכים", אמר השר לנדאו. הוא הוסיף כי אם הממשלה תצביע בעד שחרור
האסירים, הוא אישית יתנגד לכך וידרוש לפחות לקשור את שחרורם בשחרורם של יונתן פולארד ועזאם עזאם.
השר זבולון אורלב אמר כי שחרור אסירים הוא מעשה בלתי מוסרי בעליל, וציין אף הוא שהצעד אינו כלול בהתחייבויות של מפת הדרכים. "לא מגיע לאבו מאזן ודחלאן 'בקשיש' כבד שכזה. הם לא עצרו עד היום אף מחבל מהחמאס ולא פרקו מנשקו אף מחבל מהג'יהאד האיסלמי". גם השר אורלב דרש להתנות את שחרור האסירים בשחרורם של פולארד ועזאם.