מנהל ארכיון העם היהודי בספריה הלאומית, ד"ר יוחאי בן גדליה, מספר בראיון לערוץ 7 על שישים עמודי כתב יד מהמאה ה-18 המתעדים משפטים שביצעה האינקוויזיציה נגד משפחות יהודים אנוסים שהואשמו בקיום מצוות היהדות בסתר.
ד"ר בן גדליה מסביר כי כותבי המסמך הם כותבים מטעם מוסד האינקוויזיציה ולמעשה מדובר בריכוז פסקי דין לאורך השנים 1540 עד 1669. "הכותרת של הפנקס הוא זכרון של האוטו דה פה, המשפטים הפומביים". הדברים נכתבו ב"שפה תמציתית ויבשושית ומסכמים כל מקרה ומקרה של תהליך ענישה". המסמך מציין אריך מדויק של כל משפט, מיקומו של המשפט ופרטי ההרשעה.
בדבריו מדגיש בן גדליה כי לא מדובר רק באנוסים מעם ישראל שנאלצו להתנצר, שכן "האינקוויזיציה עסקה במקרים נוספים גם של משפחות נוצריות שעשו מעשים אחרים". כאמור במסמך זה הכיתוב מתומצת מאוד, מתייחס לשם הנדון, האישום העיקרי וגזר הדין, אולם בארכיונים אחרים של האינקוויזיציה הפירוט רב יותר.
ד"ר בן גדליה מספר כי הספרייה הלאומית פועלת "מול ארכיונים אחרים בעולם, גם בפורטוגל וספרד, ושם יש ארכיונים של האינקוויזיציה ושם יש תיקים מפורטים שמתארים את החקירות וגם את הייחוס של כל אחד. שם הדברים כוללים גם שירים ותפילות שאנשים משמיעים במהלך החקירה, מה שפותח צוהר לתפיסות האמוניות שלהם כמי שנותקו מהיהדות במשך מאתיים שנה ושימרו מסורות בסתר, והתפילות שלהם הן לא בהכרח דברים מוכרים לנו אלא קטעים מהתנ"ך ולפעמים גם עם השפעות נוצריות שנכנסו לאורך השנים. בין השאר גם דברים אישיים שמופיעים בתפילות".
בן גדליה מציין כי קיימת "מחלוקת בין החוקרים עד כמה התופעה הייתה משמעותית של המשך קיום היהדות. בן ציון נתניהו סבר שהאינקוויזיציה הייתה צריכה להצדיק את קיומה ולכן המציאה את תופעת האנוסים, אבל זו הייתה תופעה זניחה. מרבית החוקרים חולקים עליו", הוא אומר ומציין כי קהילות יהודיות שהוקמו בתפוצות לאחר מכן הוכיחו שתופעת האנוסים הייתה משמעותית.
על הנחשף בארכיוני האינקוויזיציה האחרים, המפורטים יותר, מספר ד"ר בן גדליה כי בהם "לפעמים על גבי התיק כתוב במה מואשמים וגם איזה עונשים אותם אנשים קיבלו, ומדובר בדברים קשים, עינויים מסוגים שונים לבד מהעלאה על המוקד. בנוסף גם גם פירוט חקירות ועדים". המידע הנחשף בהם מלמד על חיי היומיום ותפיסות עולמם של יהודי התקופה, וגם על חיי המעמדות באותם ימים.
מדוע בכלל נכתבו הדברים באופן פרטני כל כך? "כל גוף כזה מתנהל כגוף מסודר. מבחינתם זו מערכת משפטית תקינה שמתנהלת לפי חוקים וכללים. מעבר לכך היה צריך להצדיק את קיומם מול האפיפיור ולהראות שיש משפטים ויש ערכאות ערעור וכו'".
המסמכים המדוברים הגיעו לספריה הלאומית לפני כמה עשרות שנים על ידי גוף כלשהו, אבל פרטי סיפור הגעתו של המסמך לספרייה אינם ידועים. ד"ר בן גדליה מעיר ומספר כי "בנוסף יש לנו גם דרשות בלטינית שניתנו על ידי הכמרים באותו מעמד של העלאה למוקד. הדרשות נאמרו בפני הקהל הרב שהתאסף כדי לראות את הדברים והן נועדו לעורר את העם מול הפושעים והחוטאים בשעה שהם נענשים". בארכיון הנחשף כעת מופיעים גם פרטים על זהותו של הכומר שנשא דרשה במעמד ההענשה וביצוע גזר הדין.
בספרייה הלאומית מציינים כי "במהלך מאות השנים נטשו מרבית האנוסים בפורטוגל כל סממן שיכול היה להסגיר אותם: ברית מילה, טבילה במקווה וקיום חגים יהודיים, אולם חלקם המשיכו לקיים בבתיהם טקסים דתיים יהודיים במסתור, או במועדים מאוחרים מעט מיום החג בפועל. לדוגמה, היו כאלו שחגגו בסתר את יום כיפור ופסח מספר ימים לאחר המועד האמיתי, על מנת לבלבל את אנשי האינקוויזיציה; נרות שבת הוסתרו בתוך כלי חרס; וילדים מתחת לגיל 12 לא הורשו להשתתף בטקסים הדתיים, שנערכו מאחורי דלתיים סגורות, על מנת שלא יסגירו את הסוד".