עימותים פרצו הבוקר בהר הבית, כאשר עשרות ערבים רעולי פנים התבצרו בתוך מסגד אל-אקצא, תלו דגל חמאס והחלו ליידות אבנים לעבר כוחות המשטרה. השוטרים סגרו את דלתות המסגד.
גם בשער שכם התפרעו כמה עשרות ערבים וניסו להתעמת עם כוחות המשטרה שהחל במרדף אחריה ובהברחתם כדי לאפשר מעבר חופשי במדרגות המובילות לשער.
החל משעות הבוקר המוקדמות נפרסו בעיר ירושלים כוחות משטרה גדולים לאבטחת האירועים השונים הצפויים לאורך יום ירושלים.
הפעילות המשטרתית המקדימה שבוצעה במהלך הלילה מנעה הגעת מפרי סדר רבים יותר לאזור.
במקביל החלה עליית יהודים לשטח הר הבית לרגל יום ירושלים. כמה מן העולים להר סיפרו שהעלייה מתבצעת תחת קללות ואיומים של ערבים כלפי העולים לכל אורך המסלול.
במשטרה ציינו כי "במהלך השעתיים האחרונות לקראת תחילת הביקורים בהר הבית בהתאם לכללי ושעות הביקור במקום, החלו רעולי פנים להתארגן להפרות סדר כולל ירי זיקוקין, ובהמשך הם נכנסו לתוך המסגד. כרגע הביקורים מתקיימים כסדרם, כאשר מתוך המסגד יורים זיקוקים, ללא השפעה על המשך הביקורים".