חיילים שהוצבו ביישוב בית אל במארב לחוליית המחבלים שסוכלה בערב שבת, סיפרו כי הוראות הפתיחה באש לא מאפשרות לפתוח באש גם כלפי מחבלים שיש להם "אמצעי וכוונה".
כזכור בערב שבת פתחו מחבלים באש לעבר היישוב בית אל, פגעו בסוכה של משפחה ופצעו את אחד מבני המשפחה באורח קל. מיד לאחר הירי פתח כוח צלפים שהוצב במארב בירי לעבר המחבלים, חיסל אחד מהם ופצע את אחר.
כעת מסתבר כי המחבלים היו על כוונת החיילים לפני שביצעו את הירי, אך הוראות הפתיחה באש לא איפשרו להם לבצע את הירי למרות שזיהו שהמחבלים חמושים ומתכוננים לבצע ירי. כאמור לאחר שבוצע ירי מצד המחבלים כוחותינו השיבו בירי וחיסלו את אחד מהם.
תגובת דובר צה"ל: "שלשום (ו׳) בוצע פיגוע ירי לעבר היישוב בית אל שבמרחב החטיבה המרחבית בנימין. לוחמי צה"ל שהיו בפעילות יזומה במרחב ירו לעבר המחבל ונטרלו אותו. כמו כל האירועים המבצעים, האירוע בבירור. עוד באותו הלילה, כוחות צה"ל יחד עם ימ"ס מג"ב איו"ש סגרו מעגל ועצרו את המחבל הנוסף שנמלט. בנוסף, הכוחות איתרו את הנשק שאיתו בוצע הפיגוע ובכך הביאו לסגירת מעגל נוספת. כוחות צה"ל ימשיכו לפעול במרחב לאורך כל העת על מנת לסכל טרור".
המשטרה פרסמה הבוקר (א'( תיעוד של כוחות המסתערבים של משמר הגבול, בסיוע צה"ל והשב"כ, אשר הביאו למעצר המחבל השני שביצע את פיגוע הירי בבית אל ביום שישי בו נפצע יונתן ניזרי. המחבל השני שהיה מעורב בפיגוע חוסל על ידי כוחות הביטחון.
לאחר מאמצים של כוחות הביטחון ללכוד את המחבל הוקפצו לוחמי יחידת המסתערבים של מג"ב ברגע שהתקבל המידע מהשב"כ ועצרו את המחבל בכפר דיר-ג'ריר ויחד איתו עוד שני סייענים נוספים.
המסתערבים הקיפו את הבניין בו הסתתר המחבל ובתיעוד ניתן לראות כי ברגע שזיהה את הכוחות מכתרים אותו הרים את ידיו לאות כניעה ונעצר.
יונתן ניזרי, שנפצע בפיגוע הירי בבית אל, שיחזר בריאיון לחדשות כאן ובראיון לערוץ 7 את רגעי האימה במהלך סעודת השבת. "ישבנו בשולחן החג אני אישתי והילד. שרנו וברגע אחד הכול הפך לאווירה שחורה. שמענו קולות של ירי, אנחנו רגילים לזה. עברו שתי שניות והרגשתי כאילו מישהו נתן לי אגרוף ללסת, ראיתי מעורפל. התרוממתי והכנסתי את אישתי ואת הילד לתוך הבית. אישתי שאלה מה קרה וראיתי שאני כבר עם דם".
ראש מועצת בית אל שי אלון התייחס לפיגוע, "מה שהזהרנו זה מה שקורה. הממשלה הנוכחית משדרת חולשה והתוצאה באה לידי ביטוי בזריקות אבנים ובפיגועי ירי בירושלים, ביהודה ושומרון ובכל מקום בארץ. מי שעייף מלהיאבק בטרור שיילך לנוח בבית. לפיד וגנץ לא משתלטים על האירוע. סומכים על אבו מאזן שיגן על ישראל".