תחקיר הפיגוע במחסום שועפט בו נרצחה הלוחמת סמל נועה לזר הי"ד הוצג לרמטכ"ל אבי כוכבי, למפכ"ל המשטרה קובי שבתאי ולשר לביטחון הפנים עמר בר לב על ידי מפקד משמר הגבול ניצב אמיר כהן.
בתחקיר האירוע שבוצע על-ידי מפקד עוטף ירושלים, תת-ניצב עמי נידם, זוהו כשלים בשגרת הפיקוד במחסום, במהירות התגובה ובאיכותה, ובאי-חתירה למגע עם המחבל על-ידי הכוחות הפועלים במעבר. בנוסף נמצא כי התנועה הרגלית במעבר, המתקיימת כדבר שבשגרה על פי נהלי המעבר, היא תקלה חמורה ויציאת המחבל מהרכב התאפשרה כתוצאה מכך.
עוד נמצא, כי על אף ששלושה מלוחמי מג"ב במעבר ירו לעבר המחבל, לוחמי מג"ב שהיו במקום הגיבו שלא כמצופה ולא בהתאם לערכי החיל.
בעקבות ממצאי התחקיר, החליט מפקד מג"ב לנקוט צעדים משמעתיים ובהם נקיטת הליך הדחה של שלושה שוטרים בקבע על אי עמידה בערכי מג"ב, הליך הדחה מתפקיד פיקודי לשנה של קצין מג"ב ומתן הערה פיקודית למ"פ ולמג"ד של משמר הגבול.
בנוסף, הורה מפקד מג"ב על הגדרת רף מחייב לביצוע התרגולות במעבר, הכשרה ייחודית מקצועית למפקדי המעבר, התקנת תשתית טכנולוגית מספקת לצרכי המשימה במעבר וכן על קיום מנגנון פיקוח קפדני.
מפקד מג"ב הורה ליישם באופן מיידי את כלל הלקחים בכל המעברים שבאחריות מג"ב בעוטף ירושלים. כמו כן, הנחה את מפקד בית הספר החיילי להקים הכשרה ייעודית לפיקוד במעברי עוטף ירושלים. ההמלצה המרכזית שלו היתה לאזרח את כלל המעברים בעוטף ירושלים לאור אופי הפעילות בהם.
הרמטכ"ל קיבל את מסקנות התחקיר וסיכם כי תוצאות האירוע כואבות וקשות. עוד קבע כי "מצופה היה מהלוחמים באירוע לחתור למגע, וכי הם פעלו באופן שאינו תואם את המצופה מכל לוחם במערכת הביטחון. הרמטכ"ל פירט שורה של לקחים שיש ללמוד מהאירוע, הן באשר לתפעול השוטף במעבר, והן באשר לכשירות והתרגולות הנדרשות מהלוחמים".
בהמשך לכך, הנחה על חידוד האיום לכוחות לאור מבצע 'שובר גלים', הגדרת תרגולות מתאימות והתאמת ארגון המעברים למשימה. כמו כן, הנחה על מינוי פרויקטור באגף הטכנולוגיה והלוגיסטיקה לשיפור אמצעי המיגון והטכנולוגיה בכלל המעברים באופן מידי.
"הרמטכ"ל החליט על הפסקת פעילותם של לוחמי צה"ל במחסום שועפט תוך חודש ימים, זאת בעקבות אופי המשימה במחסום, שתכליתו מעבר של אזרחים ותושבי ישראל. בהמשך לכך, הרמטכ"ל הנחה להגדיל את הקצאות הלוחמים למג"ב, לטובת הצבתם במשימת הבידוק במחסום שועפט. עד להכשרת הלוחמים, הורה מפקד מג"ב על הסטת פלוגת לוחמים ממג"ב איו"ש למחסום", נמסר.
לדבריו כוכבי: "עבודת כוחות הביטחון במעברים חשובה לביטחון המדינה ומנעה פיגועים רבים בעבר. מדובר באירוע חמור, מקצועית וערכית. ראשית מכיוון שאיבדנו את הלוחמת סמל נועה לזר ז"ל, משנית בשל חוסר מקצועיות ואי חתירה למגע, המחבל לא נוטרל ולא נעצר. יש לבצע את הפעולות המידיות שהוגדרו למימוש לקחי התחקיר בהקדם, ולהטמיע אותן בקרב כלל כוחות הביטחון. אני שולח את תנחומיי העמוקים למשפחת לזר, מחזק ומחבק אותה".