מאות אסירים ביטחוניים בכלא מגידו החלו אחר-הצהריים (ד') להתפרע ברחבי הכלא, להשליך אבנים על מגדלי השמירה ולפגוע בציוד. ההתפרעות פרצה לאחר שלאסירים נודע כי יש כוונה להעביר כמה מהם לכלא קציעות שבנגב. בכלא קציעות ישנם כיום 1,200 עצירים.

שריפה פרצה במקום לאחר שהאסירים הציתו את אוהליהם. שוטר נפגע קל בהתפרעות והועבר לטיפול בבית החולים בעפולה.

המשטרה הצבאית ומשטרת ישראל החישו למקום כוח גדול של שוטרים שהשתמשו בגז מדמיע ובזרנוקי מים כדי "לצנן" את הרוחות. העצירים נערכו בהתאם ובאמצעות אבנים, בצלים ומים חמים ניסו לנטרל את השפעת הגז המדמיע ולתקוף את הכוחות. על הכוחות פיקד קצין משטרה צבאית ראשי, תא"ל מיקי בראל.

צומת מגידו נסגר לכמה דקות בשל רגימות אבנים מכיוון הכלא לעבר הצומת, אולם איש לא נפגע.

בשעות הערב, לאחר שעות של מו"מ, מהומות, והתבצרות הצליחו כוחות הבטחון להשתלט על האסירים. הכוחות אספו את האסירים המיועדים להעברה וארגנו את העברתם לקציעות.

כתב ערוץ 1 אורי אהרונוב סיפר כי לאחר הפיגוע התופת אמש בירושלים החלו אסירים ערביים בכלא הדרים בחגיגות שמחה. הכוחות נכנסו מייד לפעולה ושלושת המנהיגים הושלכו לצינוק. רק אז נרגעו האסירים.