בעקבות עליית השר בן גביר להר הבית, הראשון לציון הרב הראשי לישראל ונשיא מועצת הרבנות הראשית לישראל הרב יצחק יוסף שיגר אליו מכתב מחאה בו הוא כותב כי כשר המייצג את ממשלת ישראל עליו לפעול כהוראות הרבנות הראשית שאסרה עליה להר.
"שמעתי בצער על החלטתך לעלות להר הבית, היום יום צום עשרה בטבת, ומתוקף תפקידי כרב הראשי לישראל וכממשיכם של הרבנים הראשיים לדורותיהם, אני חש חובה להתריע על חומרת איסור עליה להר, ולבקש ממך בשם הרבנות הראשית לישראל להימנע בעתיד מלעלות להר הבית, כדי שלא להכשיל את הרבים, ובפרט כיום שהתמנית לשר במדינת ישראל והמכשול שיש בזה מצד השפעה על הציבור הוא גדול יותר."
בדבריו הביא את עמדת הרבנים הראשיים לדורותיהם החל מהראי"ה קוק ועד היום והוכיח כי רוב מניין ובניין של גדולי ישראל אסרו את העלייה להר הבית.
בסיום מכתבו ציין הרב כי "גם אם יש טענה שיש איזה מיעוט של רבנים שהתיר לך באופן אישי, הדבר ברור שכשר בממשלת ישראל אין לך לפעול כנגד הוראות הרבנות הראשית לדורותיה ומה יאמרו המון העם בראותם שר, יהודי שומר מצוות הפועל בניגוד לעמדת הרבנות הראשית. כולי תקווה שתמצא את הדרך לתקן את הענין ולקדש שם שמים".
מוקדם יותר הרב הראשי הספרדי של ירושלים, הרב שלמה עמאר, תקף את עלייתו של בן גביר להר הבית.
תחת הכותרת ‘אמת מארץ תצמח’, כתב רבה של ירושלים: “רבים פנו אלי לאמר שהיום נכנס שר להתפלל בהר הבית, ושאלו לדעתי. ותמהתי ועוד אתמה איך שר בישראל שומר תורה ומצוותיה מפר בפרהסיא פסק דין תורה של כל מועצות הרבנות הראשית, שיצאו בעקבות רבותינו גדולי הדור ופוסקי הדור, לקדושים אשר בארץ המה, ויבלח”ט אשר חיים עדנה, שפסקו על פי דין תורתינו הקדושה – שאסור ליכנס להר הבית איסור גמור.
“ובוודאי שאין בכוחנו למדוד גבולות הבית והעזרות, ועלולים ליפול באיסורים החמורים ביותר, ה’ יצילנו”.
הרב עמאר הוסיף: “ואני רואה חובה לעצמי כראשון לציון והרב הראשי לעיר הקודש והמקדש ירושלים, למחות בכל אלה שנכנסים בזמן הזה להר הבית, ולהודיע שאין שום היתר כלל וכלל לכניסה להר הבית.”