הראי"ה במשנתו עסק רבות ביחסי דתיים-חילוניים, אחת הדוגמאות לכך היא התייחסותו של הראי"ה לבקשתו של אב לשלוח את בנו להתחנך בארץ וביקש את הראי"ה שייעץ לו היכן לחנך את בנו.
וזו הייתה תשובתו: "על דבר הגימנסיא (גימנסיה הרצליה) לפי מצבה כעת אין לנו בה שום עסק. היא עוקרת בידיים את שורש האמונה ומכבה את זיק אש דת קודש שבלב חניכיה. ניסיון עושה בזה הלאומיות הקרועה מעל הקדושה הישראלית עם נשמותיהם של בני עמנו, לראות איך מתגדלת לאומית כופרת. אבל אנו יודעים מראש לפתור שהניסיון לא יצלח, זהו פשוט בחירת אלוהים חדשים".
ועם כל הסתייגותו ממוסדות החינוך החילוני, אין הוא מוכן לצאת בהודעה גלויה נגד הגמנסיא, על מדוכה זו, האם לגנות גינוי פומבי את הגמנסיא, הוא ישב ימים רבים, ולבסוף החליט שאי אפשר לעשות צעד זה, שהוא כקריאת מלחמה עליהם. ואת החלטתו זו הוא מנמק מכמה טעמים:
א. מפני דרכי שלום – הישוב שלנו בארץ הקודש הולך ומתרחב ב"ה ואנו חייבים לראות שכל אחד יחזק את חברו בכל עניני החיים, לעמוד יחד נגד האויבים הרבים מבני הניכר המתנכלים לנו, ואסור לנו לפי מעמדנו כעת לעורר מדנים ומלחמת אחים אפילו בשביל מטרה היותר קדושה, ועל כך נאמר: 'חבור עצבים אפרים הנח לו'. ב. אנו רואים שיד ה' נטויה לטובה לצמיחת קרן ישועה לישראל בארץ הקודש, ואין שום ספק דלא עביד קודשא בריך הוא ניסא לשיקרא. (שהקב"ה לא עושה ניסים לשקר) ומפני הסיבות הללו כותב הראי"ה: "על כן עלינו להמשיכם בחבלי אהבה והתקרבות וסבלנות גדולה שהוא יותר קרוב להצליח מדרך האיבה והתהלכות בזעם". הצעה אחרת שהופנתה אליו לחזק את חיי הדת בארץ בעזרת הממשלה התורכית הוא דוחה בתוקף וכותב: "מוכן אני להיות תמיד חבר ליראי ה' המבקשים לחזק את תורתנו הקדושה ובמיוחד בארץ ישראל. עם זאת מחובתי להעיר שהעוסקים בכך ישימו את הדעת נר לרגלם (כלומר לקבל החלטות הגיוניות)" ולדעתו ההצעה הזו לעשות תיקון באמצעות הממשלה הוא אפסי, כי ירידת הדור באה לא מפני שלא מיחו רבנן על בתי הכופרים המחריבים את ארץ הקודש, אלא מפני שרק מיחו ולא עוד.
כמו כן הראי"ה מתלונן שאנחנו מטפלים רק בצדדים החיצוניים של היהדות, הכול פונים עכשיו לתקן את ה"פראסטע פרומקיט" (החרדות הפשוטה), כאילו אפשר להחיות את העולם בגוף בלא נשמה, והאור האלוקי נזנח מן הלב והמוח.
הראי"ה אינו אומר רק מה לא לעשות אלא הוא במקביל גם מציג דרכים אלטרנטיביות איך לטפל בכפירה: ראש לכולם הוא רואה באחדות המחנה הדתי וכך הוא כותב: "שנתאגד אגודה אחת להזריח את האור האלוקי בעולם בחכמה בתבונה ובדעת".
ב. להימנע מפנים זועמות ועצובות ולהרבות בחסד מכל הלב בניגוד למצב ההווה: שהוא "סר אור החסד מתוך הלב וכל הפנים הנם נזעמים מלאים דינים ועצובים על כן הכל נופל". ג. לחזק הישיבות שהעניינים האלוקיים יהיו נלמדים בהם בקביעות ובשכל רחב טהור וצלול. ד. שהיהדות הדתית תיקח תחת ידה את החלק המעשי של ישוב ארץ הקודש, לא להסתפק רק במוסדות לנדבות אלא להקים מפעלי עסקים ושל אומניות, ככל שתתרבה המעורבות של אנשי אמונה בישוב המעשי והכלכלי של הארץ כן יותש כוחה של הרשעה. וכל מה שנוסיף פעולות יהיה העניין הולך ומאיר, ורבים ישובו בתשובה והסיגים יודחו ויתבטלו" (אגרת קלב)
ה. להרבות עבודות חיוביות לשפר את מחננו מבפנים, להוסיף תיקון וסידור, לשכלל כמה דאפשר בהיתר את מוסדותינו (החינוכיים) הקדושים בשכלול חיצוני ופנימי, ולא להפנות את עיקר המבט על השלילה שיש בפעולות אחרים (אג' תרנד) ו. הננו מוזהרים להתנהג בדרך כבוד ונימוס גם עם אחינו הרחוקים שאנו מוכרחים לאסור עליהם מלחמת מגן או גם של תנופה, להילחם על הרע והחטא ולא על רעים וחוטאים, שהם אולי שוגגים, אנוסים או מוטעים, ועל ידי דרכי נועם ונתיבות כבוד ושלום נוכל הרבה יותר לתקן ולהציל מאשר על ידי משטמה וקינטוריא. (שם) ז. הגם שאנחנו מתאמצים ללחום בעד אותם הדברים הקרובים לרוחנו, צריכים אנו שלא להיות מכורים בעד רגשותינו, ולדעת תמיד שגם לרגשות ההפוכות משלנו יש מקום רחב בעולם, ורעיון זה אף על פי שלא ימנע אותנו מלהילחם על הקדוש, האמת והיקר לנו, אבל ימתן אותנו מליפול ברשת הקטנות (אג' שיד).
ח. אסור לנו להפריד ולפורר את כנסת ישראל, אסור לומר 'זה הוא שלנו ואנו דואגים עליו, וזה הוא לא שלנו', אמנם כשנעסוק לפעמים בפרטים, ודאי שיש מקום להפלות בין איש לאיש ובין סיעה לסיעה לפי ערכם, אבל כשאנו מטפלים ביסודות הכלליים אין אנו רשאים להבדיל בין טובים לרעים, וגם אם אנו מוכרחים להתפלל עם העבריינים אין הדבר אומר שיש להתחשב בדעותיהם, אלא בה בעת יש להסתייג מדעותיהם העברייניות ולא להזמינם במחיצתנו בתור מנהיגים.
יחסי דתיים חילוניים הם מורכבים ומסובכים, הטיפול בבעיה זו אסור לה להיעשות ביחס של משטמה ודחייה אך גם לא בהתרפסות והתבטלות, אלא בעמידה איתנה על האמת היהודית שלנו, תוך ביקורת נוקבת על השלילה וההרס שבחיים המתנכרים לדרכה של תורה, אך לעשות זאת בדרכי כבוד ונימוס. כל ניסיון להשפיע על המתרחקים ולשנות אותם בכוח, לא רק שלא יועיל, אלא יזיק וירחיק, על כן יש לקרבם לאט לאט, באהבה וסבלנות, וסופם שישובו בתשובה.