חלקה הראשון של פרשת אמור עוסק בכהנים. יש בו מצוות המעצבות את ייחודו של מעמד הכהונה, מצוות המסדירות את דרך עבודתם במקדש ומצוות המורות את האופן הראוי לאכילת קדשים ותרומות. הערכים היסודיים הטמונים בשורשן של כל מצוות הכהונה הם הקדושה והטהרה.
האיסורים המוטלים על הכהנים נועדו למנוע חילול הקודש באופנים שונים. טומאת מת ושאר טומאות, מומים, נישואין שאינם ראויים וכיוצא באלה, מחללים את הקדושה ומטמאים את הטהרה הנדרשת לעבודת המקדש וקדשיו.
כשם שבחירת עם ישראל כעם ה' מחייבת אותנו בתרי"ג מצוות, הרבה מעבר לשבע מצוות בני נח, כך בחירת שבט לוי והכהנים מתוכו לתפקיד משרתי ה' במקדש, מחייבת אותם לתוספת של מצוות שנועדו להתוות את דרך הקדושה ולעצבה.
הסיבה החיובית לריבוי המצוות היא הצורך בבניית מסגרת מעשית לתכנים הרוחניים הפנימיים של הקדושה היתירה. הסיבה השלילית היא החשש מפני הסתאבות והשחתה, הכרוכות לעתים קרובות בתפקידים ציבוריים ובמיוחד באלו שיש בצידם גם טובות הנאה.החשש גובר, כאשר בעלי התפקידים הללו אינם עומדים לבחירה על פי כישוריהם אלא מקבלים את התפקיד בירושה מדור לדור.
הדוגמה המובהקת של השחתת הכהונה מצויה בתחילת ספר שמואל, בסיפורם של בני עלי, חפני ופנחס, שהוגדרו כ"בני בליעל". השחיתות שלהם מתוארת בשני תחומים. האחד, נטילת בשר קודשים מן המקריבים שלא כדין. גרגרנות שהיו בה שילוב של גזל וחמס עם חילול הקודשים: "וּמִשְׁפַּט הַכֹּהֲנִים אֶת הָעָם כָּל אִישׁ זֹבֵחַ זֶבַח וּבָא נַעַר הַכֹּהֵן כְּבַשֵּׁל הַבָּשָׂר וְהַמַּזְלֵג שְׁלֹשׁ הַשִּׁנַּיִם בְּיָדוֹ. וְהִכָּה בַכִּיּוֹר אוֹ בַדּוּד אוֹ בַקַּלַּחַת אוֹ בַפָּרוּר כֹּל אֲשֶׁר יַעֲלֶה הַמַּזְלֵג יִקַּח הַכֹּהֵן בּוֹ כָּכָה יַעֲשׂוּ לְכָל יִשְׂרָאֵל הַבָּאִים שָׁם בְּשִׁלֹה. גַּם בְּטֶרֶם יַקְטִרוּן אֶת הַחֵלֶב וּבָא נַעַר הַכֹּהֵן וְאָמַר לָאִישׁ הַזֹּבֵחַ תְּנָה בָשָׂר לִצְלוֹת לַכֹּהֵן וְלֹא יִקַּח מִמְּךָ בָּשָׂר מְבֻשָּׁל כִּי אִם חָי. וַיֹּאמֶר אֵלָיו הָאִישׁ קַטֵּר יַקְטִירוּן כַּיּוֹם הַחֵלֶב וְקַח לְךָ כַּאֲשֶׁר תְּאַוֶּה נַפְשֶׁךָ וְאָמַר לו לֹא כִּי עַתָּה תִתֵּן וְאִם לֹא לָקַחְתִּי בְחָזְקָה. וַתְּהִי חַטַּאת הַנְּעָרִים גְּדוֹלָה מְאֹד אֶת פְּנֵי ה' כִּי נִאֲצוּ הָאֲנָשִׁים אֵת מִנְחַת ה'". התחום השני של חטאיהם הוא מוסרי-חברתי: "אֲשֶׁר יִשְׁכְּבוּן אֶת הַנָּשִׁים הַצֹּבְאוֹת פֶּתַח אֹהֶל מוֹעֵד". יש המפרשים זאת כפריצות כפשוטה, ויש המפרשים באופן מקל יותר, אך בכל אופן ברור שההתנהלות הגסה, השחצנית והפרועה שלהם חיללה את הקודש וגרמה בסופו של דבר לחורבנו של משכן שילה, ללקיחתו של ארון האלהים בשבי הפלשתים ולמותו של עלי הכהן (שמואל א' ב-ד).
החשש להשחתה של הכהנים ומעילה בתפקידם עד כדי המטת חורבן על המשכן והמקדש נמשך לכל אורך הדורות. כך אירע גם בימי בית שני, כאשר חלק מן הכהנים היו ממובילי תנועת ההתייונות בימי השלטון ההלניסטי, ואחרים היו ממנהיגי הכת הצדוקית, בתקופה מאוחרת יותר.
עם זאת, אסור לשכוח, שמאז אהרן ובניו הכהנים ועד מתתיהו החשמונאי ובניו, או שמעון הצדיק בימי בית שני, היו הכהנים מובילי הקדושה והטהרה בישראל. אם לא כן, כלל לא היתה הצדקה לקיומו של מעמד הכהונה. מסתבר שהחשבון ההיסטורי הכולל מכריע לכף זכות, ומכאן החשיבות הגדולה של שימור הכהונה וטיפוחה גם בדורות הרבים שחלפו מאז החורבן, שבהם לא נדרשת עוד עבודתם במקדש.גם אחרי החורבן, בני שבט לוי והכהנים בראשם ממלאים תפקיד משמעותי בהנהגתו הרוחנית של העם, ורבים מגדולי ישראל וחכמיו בכל הדורות עד היום באים ממשפחות הלויה והכהונה.
הנביא מלאכי, חותם הנבואה בתנ"ך, הקדיש פרק נכבד מנבואתו להתמודדות עם אתגרי הכהונה. נבואתו מתחילה בביקורת על האופן הפגום שבו מתרחשת עבודת הקרבנות בראשית ימי בית שני בירושלים:
"בֵּן יְכַבֵּד אָב וְעֶבֶד אֲדֹנָיו, וְאִם אָב אָנִי אַיֵּה כְבוֹדִי וְאִם אֲדוֹנִים אָנִי אַיֵּה מוֹרָאִי? אָמַר ה' צְבָאוֹת לָכֶם הַכֹּהֲנִים בּוֹזֵי שְׁמִי. וַאֲמַרְתֶּם: בַּמֶּה בָזִינוּ אֶת שְׁמֶךָ? מַגִּישִׁים עַל מִזְבְּחִי לֶחֶם מְגֹאָל! וַאֲמַרְתֶּם: בַּמֶּה גֵאַלְנוּךָ?בֶּאֱמָרְכֶם: שֻׁלְחַן ה' נִבְזֶה הוּא. וְכִי תַגִּשׁוּן עִוֵּר לִזְבֹּחַ אֵין רָע? וְכִי תַגִּישׁוּ פִּסֵּחַ וְחֹלֶה אֵין רָע? הַקְרִיבֵהוּ נָא לְפֶחָתֶךָ! הֲיִרְצְךָ? אוֹ הֲיִשָּׂא פָנֶיךָ? אָמַר ה' צְבָאוֹת" (מלאכי א, ו-ח).
בהמשך מפרט הנביא את התופעה של זלזול במקדש בהבאת קרבנות פגומים ודלי ערך, בהימנעות מהבאת תרומות ומעשרות, ותופעות רחבות יותר של בגידה בברית ועזיבת דרך ה' שפשו בעם היושב בציון כולו. תביעתו הראשית של מלאכי מופנית אל הכהנים:
"וְאַתֶּם סַרְתֶּם מִן הַדֶּרֶךְ הִכְשַׁלְתֶּם רַבִּים בַּתּוֹרָה שִׁחַתֶּם בְּרִית הַלֵּוִי אָמַר ה' צְבָאוֹת" (ב, ח). עונשם של הכהנים שאינם ממלאים את תפקידם הוא בכך שהם מאבדים את כבודם ומעמדם בעיני העם: "וְגַם אֲנִי נָתַתִּי אֶתְכֶם נִבְזִים וּשְׁפָלִים לְכָל הָעָם כְּפִי אֲשֶׁר אֵינְכֶם שֹׁמְרִים אֶת דְּרָכַי וְנֹשְׂאִים פָּנִים בַּתּוֹרָה" (ב, ט).
הביקורת כלפי הכהנים נובעת דווקא מן התקווה הגדולה התלויה בהם:"וִידַעְתֶּם כִּי שִׁלַּחְתִּי אֲלֵיכֶם אֵת הַמִּצְוָה הַזֹּאת לִהְיוֹת בְּרִיתִי אֶת לֵוִי אָמַר ה' צְבָאוֹת. בְּרִיתִי הָיְתָה אִתּוֹ הַחַיִּים וְהַשָּׁלוֹם וָאֶתְּנֵם לוֹ מוֹרָא וַיִּירָאֵנִי וּמִפְּנֵי שְׁמִי נִחַת הוּא. תּוֹרַת אֱמֶת הָיְתָה בְּפִיהוּ וְעַוְלָה לֹא נִמְצָא בִשְׂפָתָיו בְּשָׁלוֹם וּבְמִישׁוֹר הָלַךְ אִתִּי וְרַבִּים הֵשִׁיב מֵעָוֹן. כִּי שִׂפְתֵי כֹהֵן יִשְׁמְרוּ דַעַת וְתוֹרָה יְבַקְשׁוּ מִפִּיהוּ כִּי מַלְאַךְ ה' צְבָאוֹת הוּא" (מלאכי ב, ד – ז).
הציפיה מן הכהנים היא להיות מופת בהתנהגותם לכלל האומה. הם אמורים להיות יראי ה', שומרי תורה ודעת, שפיהם ולשונם נקיים מעוולה. מתוך כך, הם גם משיבים רבים מעוון, והכל באים לבקש תורה מפיהם, שכן הם נדמים לעם כמלאכי ה'.
מי שירשו את תפקידם של הכהנים אחרי חורבן בית שני הם החכמים ותלמידיהם. רבן יוחנן בן זכאי ביבנה וממשיכי דרכו באושא ובגליל שיקמו את חורבן ההנהגה המקדשית-כהנית, והעמידו תחתיה הנהגה בית מדרשית- חכמית. כך לדוגמה אומרים חז"ל ש"כל המביא דורון לתלמיד חכם - כאילו מקריב בכורים" (כתובות קה, ב).
בעקבות זאת כתב הרמב"ם בסוף הלכות שמיטה ויובל כך:
"ולא שבט לוי בלבד, אלא כל איש ואיש מכל באי העולם אשר נדבה רוחו אותו והבינו מדעו להבדל לעמוד לפני ה' לשרתו ולעובדו, לדעה את ה', והלך ישר כמו שעשהו האלהים, ופרק מעל צוארו עול החשבונות הרבים אשר בקשו בני האדם - הרי זה נתקדש קדש קדשים ויהיה ה' חלקו ונחלתו לעולם ולעולמי עולמים, ויזכה לו בעולם הזהדבר המספיק לו כמו שזכה לכהנים ללוים. הרי דוד עליו השלום אומר:'ה' מנת חלקי וכוסי אתה תומיך גורלי'".
משהציבו חז"ל את עולם התורה והחכמים כתחליף לעולם המקדש והכהנים, הם העתיקו את הדרישות מן הכהנים לדרישות מן החכמים:
"אמר רבי יוחנן, מאי דכתיב: 'כי שפתי כהן ישמרו דעת ותורה יבקשו מפיהו כי מלאך ה' צבאות הוא'? אם דומה הרב למלאך ה' - יבקשו תורה מפיו, ואם לאו - אל יבקשו תורה מפיו" (מועד קטן יז, א).
כל החששות והסכנות המלווים את מעמד הכהונה בתנ"ך, מלווים גם את עולם החכמים מימי חז"ל ועד ימינו. הזהירות נדרשת במיוחד, כאשר נושאי משרות רבניות וכלי-קודש אחרים, מקבלים שכר וטובות הנאה תמורת תפקידם, ואף נוטים להעביר את תפקידם בירושה ולהימנע מבחירה על ידי הציבור. פרשת אמור מלמדת עד כמה צריך להקיף את בעלי המשרות הללו בדרישות ובחובות המיועדות להבטיח שלא תפגע הקדושה והטהרה ולא ייגרם חילול ה', התורה והקודש,בעקבות מעשיהם. ספר שמואל מלמד עד היכן יכולה ההשחתה להגיע, אפילו כשמדובר בבני עלי, הכהן הגדול שחנך את שמואל הנביא לתפקידו. הנביא מלאכי מטמיע בנו את התובנה, למה עלינו לצפות מן המנהיגים הרוחניים שלנו: להדמות למלאכי ה', לא פחות!