ספר במדבר נפתח במפקד של בני ישראל. בהמשכו נפגוש גם מפקד של הלויים ושל הבכורים, ומפקד נוסף אחרי המגפה בבעל פעור ולקראת חלוקת הנחלות סמוך לכניסה לארץ. בפתח הפרשה מסביר רש"י את ריבוי המניינים של עם ישראל בתורה, בכך שמפני חיבתן של ישראל חוזר הקב"ה ומונה אותם פעם אחר פעם.
בניגוד לדברי רש"י אלו ולמשתמע מן המניינים החוזרים ונשנים של בני ישראל בתורה, אנו למדים מפרשת כי תשא בספר שמות שכאשר מונים את בני ישראל יש חשש לנגף: "כִּי תִשָּׂא אֶת רֹאשׁ בְּנֵי יִשְׂרָאֵל לִפְקֻדֵיהֶם וְנָתְנוּ אִישׁ כֹּפֶר נַפְשׁוֹ לַה' בִּפְקֹד אֹתָם וְלֹא יִהְיֶה בָהֶם נֶגֶף בִּפְקֹד אֹתָם" (שמות ל, יב). הפתרון לסכנת הנגף הוא מתן כופר, בשעור מחצית השקל לגולגולת. חז"ל מפרשים, שנתינת חצי השקל אינה רק כופר ופדיון נפש, אלא גם פתרון לסכנת הנגף: במקום למנות אנשים, מונים שקלים.
לרעיון שאפשר לפתור את סכנת הנגף על ידי ספירת תחליפים לאדם יש סימוכין בספר שמואל. שאול המלך פקד את עם ישראל לפני המלחמה בעמלק "בטלאים". (שמואל א' טו, ד). לפי חז"ל ורוב המפרשים הכוונה היא שכל אחד מבני ישראל נתן טלה ומנו את הטלאים ולא את האנשים. יש המפרשים שגם "ויפקדם בבזק" הנזכר במלחמה בבני עמון, (שמואל א, יא ח), פירושו בחרסים או באבנים.
חז"ל מצאו סימוכין לאיסור למנות את ישראל בפסוקי הפטרת השבת, בספר הושע: "וְהָיָה מִסְפַּר בְּנֵי יִשְׂרָאֵל כְּחוֹל הַיָּם אֲשֶׁר לֹא יִמַּד וְלֹא יִסָּפֵר" (הושע ב' א). אמרו חכמים: "לא ימד" הוא לאו אחד, ו"לא יספר" – לאו שני (יומא כב ב).
במדרש (ספרי דברים מז) הצביעו על סתירה כביכול בין שני חלקי הפסוק: "והיה מספר בני ישראל" – משמע שיש מספר, "כחול הים", משמע שאין מספר. ותירצו בכמה אופנים. האחד, שכישראל עושים רצונו של מקום מספרם לא ימד ולא יספר, ואילו כשאינם עושים רצונו מספרם מתמעט ומוגבל. תירוץ אחר, יש בו כדי לפתור את הסתירה בין דברי רש"י בתחילת פרשתנו שיש בהם חיוב גמור ואהדה למפקד לבין העמדה המסויגת המשתמעת מפרשת כי תשא: כאשר המפקד הוא מן השמים, הספירה ראויה, ויש מספר לבני ישראל, ואילו כשהוא ביוזמה של בני אדם, הוא אינו רצוי ואז עדיף שלא ימד ולא יספר.
המקום העיקרי בתנ"ך שבו מתוארת הבעייתיות של ספירת העם הוא בסוף ספר שמואל, כאשר דוד המלך באחרית ימיו ביקש לפקוד את עם ישראל והטיל על יואב בן צרויה את המשימה. יואב התנגד לכך, אך דוד לא שעה לדבריו, פקד את ישראל וגרם בכך לחרון אף ולמגפת דבר עם ישראל, שבה נפלו שבעים אלף איש. (שמואל ב כד)
יואב בן צרויה הסביר את התנגדותו למפקד כך: "וַיֹּאמֶר יוֹאָב אֶל הַמֶּלֶךְ וְיוֹסֵף ה' אֱלֹהֶיךָ אֶל הָעָם כָּהֵם וְכָהֵם מֵאָה פְעָמִים וְעֵינֵי אֲדֹנִי הַמֶּלֶךְ רֹאוֹת וַאדֹנִי הַמֶּלֶךְ לָמָּה חָפֵץ בַּדָּבָר הַזֶּה".
מדברי יואב משמע שהמנין מיותר, ואף פוגע בריבוי. כדברי חז"ל שאין הברכה שרויה אלא בדבר הסמוי מן העין. הספירה במובן מסוים ממעטת את העם ביחס לאינסופיות הריבוי שהובטחה לאבות, ככוכבי השמים וכחול הים (בראשית לב יג ועוד).
נמצא, שמן התנ"ך עולים שני סוגי איסור מפקד ומנין. האיסור האחד, זה שעומד ביסוד התנגדותו של יואב למפקד של דוד, הוא ההתנגדות לבירור מניינם הכולל של בני העם בזמן מסוים. מנין זה מיותר, לא מועיל ואדרבה, מזיק בכך שהוא מגביל את ברכת הריבוי של העם. הפתרון של פקידה באמצעות חפץ חלופי כדוגמת שקלים או טלאים אינו מועיל לבעיה זו, מכיון שבסופו של דבר מגיעים למספר האנשים והדבר הזה עצמו אינו רצוי. נראה שאיסור זה חל רק כאשר המנין מיותר, אבל כאשר יש צורך למנין, כמו בבנין המשכן או בהכנה למלחמה בימי שאול, מותר למנות, כפי שעשו משה ושאול.
האיסור האחר אינו נובע מן התוצאה של המפקד – ידיעת המנין של עם ישראל, אלא מעצם מעשה הפקידה. ספירה של בני אדם מעוררת קטרוג על הנפקדים ועלולה לגרום לנגף. חז"ל הפיקו מכך איסור גם למנות קבוצה קטנה של אנשים ואף אם אין יודעים בסיכום את מספרם. ההמנעות מספירה ישירה של אנשים מופיעה במשנה בהקשר של ספירת הכהנים במפקד הבוקר במקדש, כדי לבחור את הכהן שיזכה בתרומת הדשן (יומא כב ב). מכאן נובע המנהג המקובל שאין סופרים אנשים לגולגלותם כשבודקים אם יש עשרה למנין, אלא אומרים פסוק שיש בו עשר מילים ומונים איש לכל מילה. (ספר העתים של ר' יהודה ברצלוני סימן קמ"ד).
איסור זה קיים גם אם המנין הוא לצורך, ואפילו לצורך מצוה, בשל החשש מנגף, אולם הוא ניתן לפתרון אם מונים חפצים חלופיים ולא את בני האדם עצמם.
חכמי הדורות האחרונים נחלקו בשאלה אם מותר לערוך מפקדי אוכלוסין בישראל. רבים התירו בצירוף שני השיקולים: מצד אחד המנין הוא לצורך, שכן הוא משרת את משרדי הממשלה והרשויות בתכנון ותקצוב בתחומים רבים, ולכן אינו דומה למנין הפסול של דוד. מן הצד האחר, אין בו מניה ישירה של בני אדם אלא רישום של טפסים, ולכן אין בו סכנת נגף, כמו במנייה באמצעות מחצית השקל או טלאים.
לעומת זאת, בנוגע לספירה של אנשים לצורך בירור מניינם, אפילו לצורך מצוה, השיב הרב וואזנר שיש להמנע מכך ככל האפשר (שו"ת שבט הלוי, א' לד). לדבריו, אין לבדוק נוכחות תלמידים בכיתה על ידי מנייתם במספרים, אלא רק בקריאת שמות, הגם שזו ספירה לצורך.
מעבר לבעיות של "עין הרע" והשפעות סגוליות שליליות, נראה שבאיסור המניה ישנו גם היבט ערכי פשוט: בני אדם, ובייחוד בני ישראל, אינם מספרים. זאת, מכיון שכל אדם הוא עולם ומלואו, וכפי שמפורש במשנה במסכת סנהדרין (ד', ה'): "לפיכך נברא אדם יחידי ללמדך שכל המאבד נפש אחד מישראל מעלה עליו הכתוב כאילו איבד עולם מלא וכל המקיים נפש אחת מישראל מעלה עליו הכתוב כאילו קיים עולם מלא ... ולהגיד גדולתו של הקדוש ברוך הוא שאדם טובע כמה מטבעות בחותם אחד וכולן דומין זה לזה ומלך מלכי המלכים הקדוש ברוך הוא טבע כל אדם בחותמו של אדם הראשון ואין אחד מהן דומה לחבירו לפיכך כל אחד ואחד חייב לומר בשבילי נברא העולם".
כאשר המפקדים בישראל נעשים כהלכה, הרי הם מוגדרים כ"נשיאת ראש": "כי תשא את ראש בני ישראל", "שאו את ראש" וכדומה, מכיון שהם מבטאים את ייחודו של יחיד וזוקפים את ראשו, את חשיבותו ואת משמעותו לכלל. אולם כאשר סופרים בני אדם כמספרים בלבד, אין זו נשיאת ראש אלא קיצוצו ושיטוחו, ככיסוח דשא, להבדיל.
מורים רבים סבורים שקריאת שמות בתחילת השעור היא בזבוז זמן לימודים. אכן, בכיתות רבות משתתפים, קריאת שמות היא בלתי אפשרית באשר היא נמשכת זמן רב מדי ויש למצוא בהן פתרון אחר לבדיקת הנוכחות. אולם בכיתה בגודל סביר, או בעת בדיקת הנוכחים על האוטובוס בטיול, יש לקריאת השמות חשיבות ערכית וחינוכית רבה והיא מצדיקה את הקדשת הזמן הנוסף הנדרש לכך. מניית בני אדם כבקרת רועה עדרו המונה את מספר צאנו, יש בה בעומק משום מחיקת הייחודי והאינדיבידואלי. הקריאה בשם האישי של כל אדם היא מעשה של החשבה ונשיאת ראש. גם כאשר היא נעשית באופן שגרתי וטריויאלי לגמרי.
החובה לשאת את ראש כל אדם מישראל ולתת לו את הכבוד והמעמד הייחודים לו, אינה מסתכמת באיסור הספירה אלא רק מתחילה בו. יש להתרגל להתבונן כך על כל קבוצת אנשים: אוסף של יחידים שכל אחד הוא עולם ומלואו.