לאחרונה, יצא ספר מכתביו של רבי יוסף בן נאים, כרך אחד המכיל שני חיבורים שונים, ראשי אבות, פירוש למסכת אבות ומעט מעט, חידושי אגדה על הש"ס ומדרשים.
הרב פרופ' משה עמאר שעמל רבות על הוצאת הספרים, מספר לערוץ 7, כי בחידושים של רבי יוסף ישנה ייחודיות: "הבן איש חי בהקדמתו לשו"ת רב פעלים כותב על שני סוגים של תלמידי חכמים, המעיין החריף שרואה את עיקרי הדברים במקורות ה'ראשוניים', וכנגדו- הבקיא שטורח ומחפש אצל כל מי שכתב בנושא עד אחרוני האחרונים", מסביר הרב עמאר בפתח דבריו.
לדבריו, "אצל רבי יוסף רואים דבר פלא, חידושיו מלאים מכל חכמי ישראל מכל התקופות ומכל האזורים. למרות שישב במרוקו, בספרו מעט מעט ניתן לראות ציטוטים מהקדמונים ממש עד בני דורו, גם מגדולי החסידות, מחכמי יוון ותורכיה, חכמי עיראק, גדולי אשכנז וגם כמובן חכמי מרוקו, עד רעיו של רבי יוסף עצמו".
על דמותו של רבי יוסף ניתן לקרוא בהרחבה במבוא לספר 'נוהג בחכמה' שהוציא לאור הרב פרופ' משה עמאר שמוסיף: "חסד עשה עימנו הקב"ה, ונותרו מלבד ספרים מעטים מהספרייה הענפה שהייתה לרבי יוסף ונשרפה באש לאחר פטירתו, כתבי היד של רבי יוסף בן נאים עצמו. כתביו נשמרו ביד המשפחה, וכך נותר לנו צוהר לאיש ולתורתו.
כמעט חמישים ספרים הוא כתב, והמגוון שלהם מתפרס על כל פני התורה- פירושים על התנ"ך, ש"ס ומדרשים בדרך הפרד"ס, ספרי שו"ת ומערכות בהלכה, ספרי היסטוריה ואף ספר טבע.
רבי יוסף היה דרשן בחסד שהוזמן לדרוש בהזדמנויות רבות, חלק מדרשותיו הועלו עלי ספר. ניתן לראות דרך דרשותיו את אהבתו הגדולה לספרים. רבי יוסף הוזמן לדרוש בבית כנסת והתשלום שקיבל על דרשות במשך שלוש שנים היה- סט של משנה ברורה.. היום, אפשר להשיג בנקל משנה ברורה, אולם לפני כמאה שנים כמעט, במרוקו, הספר היה קשה להשגה והיה יקר".
למרות כתביו הרבים, בחייו, רבי יוסף הצליח להדפיס רק את ספרו מלכי רבנן: "ספר מלא וגדוש פרטים היסטוריים על חכמי מרוקו ועל מאורעות שאירעו במרוקו, ספר נוסף שהוא שלח לדפוס בארץ היה שו"ת צאן יוסף, יחד עם שו"ת כל חדש וספר יבין לאחריתו, אבל בעקבות מלחמת העולם השנייה ומלחמת השחרור, ההדפסה לא יצאה לפועל".
כאמור בימינו אט אט יוצאים ספריו לאור, והרב פרופ' משה עמאר יו"ר מכון אורות יהדות המגרב הוציא לאור כמחצית מספריו של רבי יוסף בן נאים, לאחר עמל והשקעה רבים.
ספר זה שיצא לאור זה עתה מהווה המשך למפעלו של הרב עמאר, הפעם הרב עמאר עמל על זה בסיועו של שלו גילבר שמתאר מעט את הליך העבודה:
"קודם כל יש את העבודה הבסיסית של הקלדת כתב היד, מלבד זאת בדקנו מקורות מדויקים והפניות רבות, סידרנו לפי סדר הש"ס, לפירושים על דרשות של חז"ל שאינן על הש"ס הרב עמאר חיפש מקורות דומים בש"ס וסידר על פיהם שיהיה נקל על הלומד למצוא את מבוקשו".