קבר יהושע בן נון הושחת בסוף השבוע, מספר ימים לאחר שבמועצה אזורית שומרון, יחד עם כוחות צה"ל, מחקו כתובות הסתה כנגד מדינת ישראל שרוססו על במקום ושיפצו את מתחם הקבר.
על מבנה הקבר, בכפר כיפל חארת', נכתבו כתובות התומכות בחמאס ובטבח שביצע, ולצידם צלבי קרס. מדובר בהשחתה שנייה של המבנה בתוך שבועיים ובמועצה האזורית שומרון מציינים כי העובדה שהדבר קורה בשנית מצביע על פגיעה קשה בהרתעה הישראלית.
ראש המועצה האזורית שומרון, יוסי דגן, הגיב בחריפות להשחתה וקרא למערכת הביטחון להשיב את ההרתעה על מנת שלא תהיה השחתה נוספת
"האויב בעזה והאויב בשומרון מטרה אחת להם - השמדת מדינת, ישראל ורצח יהודים. לא סתם הברברים עושים את שני הדברים יחד - באותן השיטות שעשו דאע"ש: גם פוגעים בנפש ורוצחים יהודים בצורה ברברית - ובמקביל גם פוגעים בשורשים ההיסטוריים שלנו, במקומות הקדושים בארץ. הם מבינים היטב שהכל נתחיל מהשורשים שלנו, מהזכות הערכית שלנו בארץ ומהכבוד הלאומי".
דגן הוסף: "אני קורא לממשלה ולזרועות הביטחון לטפל במחבלים הברברים האלו כמו שארה"ב טיפלה בדאעש, במשמרת שלנו השומרון לא יהפוך לחמסטאן ולא לפתחסטאן. העובדה שאירוע כזה קורה בפעם השנייה תוך שבועיים מצביעה על פגיעה קשה בהתרעה הישראלית, שיש להשיב אותה במהרה. האויב צריך להבין שמי שיפגע בנו, מי שיפגע במורשת שלנו, מי שיפגע בקודשים ובסמלים הלאומיים שלנו - לא יהיה פה. פעמיים בשבועיים - חובה להחזיר את ההרתעה מול הנאצים האלו. אנחנו מצפים, דורשים וסומכים על צה"ל שידע להחזיר את ההתרעה מול המנוולים הנאצים".
את קבר יהושע בן נון מתחזקת מנהלת קבר יוסף והמקומות הקדושים של המועצה האזורית שומרון. את המקום פוקדים עשרות אלפי מתפללים בשנה, אשר נכנסים במספר כניסות מסודרות.