במסגרת סבב המינויים בצה"ל הוחלט כי אלוף-משנה נתאי עוקשי ימונה לסגן מפקד עוצבת געש (אוגדה 36).
משמש היום כמפקד חטיבת ירושלים. קודם לכן שימש סגן מפקד חטיבת גולני, מפקד גדוד נצח יהודה ומפקד גדוד 906.
עוקשי שכיהן כמפקד גדוד נצח יהודה בחטיבת כפיר, קיבל בשנת 2007 ציון לשבח מאלוף פיקוד דרום, על הפגנת אומץ לב, תושייה, נחישות, מנהיגות ודוגמא אישית בעת שפיקד על חייליו ויחד סיכלו ניסיון לבצע פיגוע ביישוב ישראלי במרחב עוטף עזה.
בשיחה שערוץ 7 ערך איתו לפני התמרון הקרקעי הוא המליץ ללוחמיו להתבונן אחורה לבארי ולהבין בדיוק את מטרת המלחמה וחשיבותה. "במלחמה הזו יש משהו שלא צריך להסביר זה הלשם מה. השבעה באוקטובר חרץ את הלב של כולנו, ואני לא צריך להסביר ללוחמים למה הם נמצאים שם. קשה להם, יש להם משפחות בבית אבל הם אמיצים נחושים וחדורי מטרה להשמיד את החמאס".
על מתקפת הטרור האכזרית בשבעה באוקטובר אמר "יש שם אירועי גבורה לא נורמאליים שעוד יתבררו של לוחמים ומפקדים שתפסו את התעסוקה המבצעית, אבל צריך לומר שאחרי שהצבא נכנס לרצועת עזה אני לא רואה כוח שיכול לעמוד מולו. הצבא מתקדם לכל מקום שהוא רוצה, משמיד תשתיות ואמל"ח והיום אין התקפות משמעותיות מול הכוחות שבפנים".