הפרקליטה הצבאית הראשית, האלופה יפעת תומר ירושלמי, הנחתה את מנגנון התחקור המטכ"לי לתחקר את התקיפה אמש ברפיח - בעקבות הביקורת הבינלאומית נגדה.
בתקיפה שהתרחשה אמש (ראשון) הותקפו יעדי טרור משמעותיים ברפיח, בהם בכירים במטה הגדה של ארגון הטרור, שהכווינו פיגועים ביהודה ושומרון וביצעו פיגועים רצחניים כנגד אזרחי מדינת ישראל. התקיפה
בצה"ל מציינים כי "התבצעה על בסיס מידע מודיעיני מקדים על הימצאותם של המחבלים במקום. טרם התקיפה ננקטו צעדים רבים על מנת לצמצם את הסיכוי לפגיעה בבלתי מעורבים, הכוללים בדיקת חוזי מהאוויר, שימוש בחימוש מדויק ומידע מודיעיני נוסף, שעל בסיסם הוערך כי לא צפוי היה להיגרם נזק לאזרחים בלתי מעורבים".
עוד מדגישים כי "תקיפה לא בוצעה במרחב ההומניטרי באל מואסי, אליו צה"ל קרא לאוכלוסייה להתפנות. צה"ל מצר על כל פגיעה בבלתי מעורבים".
האירוע מתוחקר על ידי מנגנון התחקור המטכ"לי, גוף עצמאי שאחראי על בחינת אירועים חריגים בלחימה. המנגנון מתחקר את הנסיבות למותם של אזרחים במרחב התקיפה. במסגרת הלחימה.
גורמים צבאיים ציינו כי הטענות על כך שהתקיפה בוצעה באמצעות שבעה חימושים במשקל טון הן שקריות והדגישו כי התקיפה בוצעה באמצעות שני חימושים בעלי ראש קרב מוקטן המותאמים לתקיפה מטרות מסוג זה.