תחקיר הקרב בבארי מעורר לא מעט טענות להאשמת דרגים נמוכים ביחידות המודיעין והשטח ומנגד היעדר הגדרת אחריותם של בכירים בדרג הצבאי.
על האופן בו נכון וניתן היה לבצע תחקיר מסוג זה שוחחנו עם ההיסטוריון הצבאי ד"ר אורי מילשטיין, מי שבחן ותחקר תחקירים צבאיים רבים לאורך עשרות שנים.
כבר בפתח הדברים מציין ד"ר מילשטיין כי מטבע הדברים כאשר את התחקיר הצבאי מבצעים אנשי צבא אין ירידה לשורשם של הדברים, וזאת מחשש שדברים שיש רצון להסתיר ייחשפו ויגיעו למי שנחשב "שלא מאנשי שלומינו" או לתקשורת. "האיש שעשה את התאונה לא בודק את התאונה, וזה שצה"ל עשה את זה זה כבר ליקוי".
מילשטיין מעיר שהסיבה לתחקור הצבא את עצמו היא "שזה נעשה לצרכים מבצעיים, כלומר שאם יהיה אירוע דומה נוסף נוכל לתקן". על כך הוא אומר כי הטיעון "הגיוני אבל יש שתי בעיות. ראשית, אם רוצים לתקן ליקוי כלשהו מוצאים את הליקוי ומתקנים, אבל צריך לעשות את זה מיד, כי אם זה לא נעשה מייד מה הועילו חכמים בתקנתם?". על כך הוא מוסיף ומזכיר כי כאשר הצבא יצא לפעול בעזה הרי שהמחבלים בוחנים גם הם את תפקודו, לומדים ומפיקים לקחים. תחקור נכון ומוקדם היה מקשה עליהם לעשות זאת.
בדבריו מביע ד"ר מילשטיין שכנוע עמוק שניתן וצריך היה לבצע את התחקיר באופן מיידי על אף הצורך המבצעי לצאת למלחמה. לשם כך, הוא אומר, אין צורך להשבית את הכוחות, וכאן הדברים נוגעים בשאלת זהותו של מבצע התחקיר. על כך הא קובע כי "זה צריך להיות איש צבא שמכיר את הנושא ואת מתודת המחקר, חוקר הכי רציני שיכול להיות. אפשר לקחת קצין, אדם אינטליגנטי שנחשב לקצין טוב, אבל זה עדיין לא אומר שהוא יכול לתחקר אירוע. באוניברסיטאות ובמוסדות המחקר יש אנשים שחייהם מוקדשים לחקר דברים. לכן הייתי לוקח קצינים בכירים בדימוס שעוסקים במחקר באופן תמידי, וכך הם גם מכירים את הנושא כאנשי צבא לשעבר, והם גם חוקרים. למשל, אל"מ בדימוס חנן שי, שהוא לא רק מי שקיבל עיטור גבורה, אלא שהוא עצמו פיתח את פו"מ ברק שלימים בוטל, פו"מ ברמה גבוהה יותר, כך שהוא חוקר את הדברים הללו".
הסוגיה הנוספת שיש לתת עליה את הדעת היא העובדה שאירוע בארי אינו מנותק מכל שהתרחש בעוטף כולו, ולכך השלכות רבות המחייבות בחינה כוללת של כל מה שהיה בהיבט המבצעי במהלך אותו יום. דוגמא לצורך בבחינה כוללת של האירועים מציין מילשטיין בכך ש"אחת הטענות הייתה שכאשר כוחות הופנו לבארי היה מפקד שהפנה את הכוחות למקום אחר, שבו היו אנשים שלו. נקודה כזו לא קשורה רק לבארי, אלא לאנשים שהגיעו בתפקיד או שלא בתפקיד כדי להציל את הילדים שלהם או את החברים שלהם, או כאלה שהגיעו מתוך סקרנות כי לא ידעו מה קורה שם, ונתנו פקודות בניגוד לפקודות הצבא. משום כך לא ניתן לחקור רק את מה שהיה בבארי".
מוסיף ד"ר מילשטיין וקובע כי "לב המחדל הוא שכל הנתונים היו ידועים, מעבר לכך שהם היו ידועים בכלל, אלא שבלילה בין השישה לשבעה לחודש הגיע מידע שאמור היה להביא אותם לתת התראה לבארי ומקומות אחרים. ההתראה לא הועברה למרות שהמידע הגיע לרמטכ"ל. הרמטכ"ל אומר שהוא אחד האחראים ואם הוא אחד האשמים צריך לתחקר אותו ולדעת למה הרמטכ"ל לא נתן הוראה לאגף המבצעים שיתנו התראה לאנשים שיהיו בכוננות".
"המחדל הגדול הוא שהחמאס תפס אותנו עם פיז'מות במיטה. ואני שואל כאן מה פתאום בשש וחצי אנשים במיטה. כמי ששירת בצנחנים אני יודע שזו שעת כוננות עם שחר", אומר מילשטיין ומזכיר את ניסיון העבר של מלחמות משחר ההיסטוריה המלמד על ההיערכות עם שחר על מנת להפתיע את האויב עוד מתקופת אברהם אבינו ולימים בקרב אמאוס של יהודה המכבי.
"אני מצפה שבכל יום תהיה כוננות עם שחר, אבל בוודאי אם יש מידע כלשהו צריכים לדאוג לכך שתהיה כוננות עם שחר. אפשרות אחת היא שהרמטכ"ל ואלוף הפיקוד לא ידעו איזה בלאגן יש בחזית. אם הם כן ידעו, למה נתנו לחיילים לישון. פרט נוסף הוא כיתות הכוננות, שאם היו מקבלות התראה אולי יכלו לתפקד ולבלום. בכלל צריך לבדוק את כל עניין כיתות הכוננות כי התפרסם שצה"ל ומערכת הביטחון צמצמו מאוד את כיתות הכוננות וכמעט ייבשו אותן. צריך לבדוק למה זה וכל הדברים האלה רלוונטיים".
אנחנו שואלים את ד"ר מילשטיין אודות הבחירה להתמקד באירועים בבארי ולטעמו מדובר במהלך שכל כולו יחסי ציבור, "וביחסי ציבור מחפשים משהו שאם תטפל בו זה יסתום את הפה למבקרים. הנה תחקרנו את המקרה הכי קשה, וכך אפשר לומר שאנחנו יודעים מה היה. עד היום תחקירים מבצעיים שעשה צה"ל, למיטב זכרוני וידיעתי, לא פורסמו בציבור כי זה עניין מקצועי. אבל כאן פרסמו את הכול, ועשו זאת באופן שבו הציבור הרחב לא יוכל להבין את פרטי הפרטים אלא יראה שמטפלים בעניין באופן מקצועי".
עוד מוסיף ד"ר מילשטיין ומטיל סימן שאלה גם על המלחמה עצמה: "יש טענה שהיה מחדל נוראי בשבעה לחודש ובשמונה אבל אחר כך החל מבצע שבו תפקדנו יוצא מהכלל. זה לא לגמרי ברור, ויש הרבה טענות שגם אני ואחרים שותפים להן, לדוגמא שאם פילדלפי חשוב למה לא התחלתם בפילדלפי. אם שם מעבירים חלק ניכר מהאמל"ח, אז כל זמן שלא הולכים לציר פילדלפי הם המשיכו להעביר. בנוסף, למה הלכתם רק בצפון. מדובר בגזרה מצומצמת של פחות משלושים קילומטר ויכולתם ללכת ממזרח צפון ודרום".
עוד על התנהלות המלחמה בימיה הראשונים אומר ד"ר מילשטיין כי "יש דבר נוסף שאנחנו יודעים אותו והוא שלא הלכו בימים הראשונים. אם היו הולכים מיד, לפני שחמאס התארגן, אולי היו מוצאים חלק מהחטופים ואולי גם את סינוואר ואנשיו. נתנו להם שלושה שבועות ונשאלת השאלה למה לא תקפו מיד, והסיבה לכך היא שהיה צריך לאמן את האנשים להתקפה, אבל אם צריך להכין ולאמן את האנשים, אז איזה צבא אנחנו? הצבא אמור להיות מוכן בכל רגע לתפקד בחזיתות השונות ובשיטות השונות, בעיקר כאשר אנחנו יודעים שהתכנית של החמאס הייתה להגיע לאשדוד ואשקלון".