מזכיר הממשלה יוסי פוקס התייחס לטענת היועצת המשפטית לממשלה גלי בהרב-מיארה, לפיה הוא חרג מסמכותו עד כדי "שיבוש תהליכי עבודת הממשלה".
מטעמו נמסר כי "מזכיר הממשלה רואה בחומרה את העובדה שהיועצת המשפטית לממשלה נותנת פומביות במכתבה למכתב סודי ביותר ששלח מזכיר הממשלה, שהינו גם מזכיר הקבינט המדיני-ביטחוני".
"בניגוד מוחלט לטענת היועצת, מכתבו אינו מהווה חוות דעת משפטית ואין לתוכנו השלכות כלשהן בתחום הביטחוני. הניסיון לייחס 'השלכות כבדות משקל בתחום הביטחוני' במכתב פומבי שהפיצה היועצת לתקשורת מעוות את העובדות, פוגע בעבודת הקבינט ובאמון הציבור".
מוקדם יותר טענה היועמ"שית כי "החלטות מתקבלות תוך העברתן להתייחסות הגורמים הרלוונטיים בסמוך לישיבות הממשלה או במהלכן, באופן שאינו מאפשר לגורמי המקצוע, וכן לשרים, למלא את תפקידם וחובותיהם; ואף בהסתמך על חוות דעת משפטית של מי שאינו מוסמך לכך, גורם פרטי או מזכיר הממשלה".
"התוצאה היא הפרת דין ופגיעה בציבור. התרענו בעבר על שיבוש תהליכי העבודה בממשלה ועל פרימת הכללים המסדירים את עבודת הממשלה. לאחרונה הגיעו הדברים לנקודת קיצון".
"כך למשל, התקבלה החלטת ממשלה בניגוד לדין, שביקשה למנוע מהייעוץ המשפטי לוודא שצעדי הממשלה בעניין גיוס בני הישיבות ומימונם חוקיים. בית המשפט העליון ביטל החלטת ממשלה זו".
עוד טענה: "מכתב של מזכיר הממשלה מיום 31.7.2024, שבו נתן חוות דעת משפטית בעלת השלכות כבדות משקל בתחום הביטחוני. חוות דעת זו ניתנה בחריגה מסמכות, ולא ארחיב לגבי תוכנה. אלה, כאמור, דוגמאות בלבד".
"העיקרון הכללי הוא, כי מזכירות הממשלה נדרשת לפעול באופן מקצועי וממלכתי להבטחת תקינות פעילות הממשלה. חובה מרכזית של מזכיר הממשלה היא לוודא כי הממשלה תקבל החלטות תוך שמירה על תהליכי עבודה תקינים וסדורים, למען הציבור. כך ניתן היה למנוע חלק משמעותי מהכשלים שאירעו. יש להחזיר את הדברים למסלולם, ויפה שעה אחת קודם".