שנתיים לפטירתו: הרב יוסף אליהו, ראש כולל דרכי הוראה ובנו של הרב מרדכי אליהו זצ"ל, נשא דברים באזכרה השנתית לרב שמואל זעפרני, ראש ישיבת המאירי ומשמשו של הרב מרדכי אליהו.
"הרב זעפרני היה ראש ישיבה, תלמיד חכם ומחבר ספרים בפני עצמו, ואחרי שהרב זצ"ל גמר את הרבנות הראשית הציעו לו מלא משרות אבל הוא בחר להישאר צמוד לרב כדי ללמוד תורה ומצוות", מספר הרב יוסף אליהו.
הרב אליהו הוסיף: "הרב זעפרני ידע מה שכתב הרב זצ"ל שאדם שבזמן שבית המקדש לא קיים ואין אפשרות לראות כוהנים בעבודתם מי שרוצה ללמוד ליראה את ה' צריך לגור ליד צדיקים ולהסתובב סביב צדיקים והדבר הזה משפיע. כל מנייני נץ בקריית משה מלאים כי הרב זצ"ל החדיר פה את זה, הצדיק משפיע על הסביבה. הרב שמואל זעפרני היה פיקח בדבר הזה, עם כל הגדלות ואהבת התורה הגדולה מאוד שלו, הוא הקים ועמד בראש ישיבה ויחד עם זאת נשאר צמוד לרב זצ"ל".
"עם כל הייסורים שעבר בשנים האחרונות בחייו - הוא היה עוסק בתורה, כולל שיעורים בזום, זו הייתה אהבת חייו", סיכם הרב אליהו.