בדוח הביניים של מבקר המדינה על שיקום יישובי הנגב המערבי נחשפו כשלים חמורים, בהם היעדר היערכות ממשלתית, עיכובים בהקמת יישובי ביניים וחוסר בקרה על התקציב שאושר באפריל 2024.
בביקורת נמצא כי העיכוב בהגדרת גבולות חבל התקומה הגביל את מנהלת תקומה בהשגת היעדים לפיתוח החבל לצורך שיקום מהיר שלו של קהילותיו ותושביו. עוד עלה כי מאז הקמתה של מנהלת תקומה לא עומד בראשה מנהל קבוע שמקדיש את כל זמנו למשימות המנהלת, והיעדרו פגע באופן ממשי בקידום המשימות המרכזיות שעמדו לפתחה של מנהלת תקומה. הדבר אף הקשה את קבלתן של החלטות דחופות ואת מתן המענים על חסמים שעלו במהלך עבודות השיקום והעבודות להקמת מגורי הביניים עבור תושבי הקיבוצים בארי, חולית וכפר עזה.
במהלך הביקורת קיימו נציגי משרד מבקר המדינה סיורים שמהם ניכר היה כי עובדי המנהלת, משרד הבינוי והשיכון והחטיבה להתיישבות, וכן כלל הספקים, פעלו במסירות וברגישות למען המפונים ולשם קידום הקמתם של האתרים הזמניים.
עוד נמצא כי עיכוב בהעברת תקציב מכוח תוכנית החומש בעניינו של חבל התקומה לביצוע פרויקט בטיחותי בפנייה בכביש 232 לחניון רעים, שבו התקיימה מסיבת הנובה, גרם לעיכוב בביצוע הפרויקט ולסיכון של הנוסעים בכביש והמבקרים בחניון. כמו כן, במועד סיום הביקורת, יותר משנה לאחר אירועי שבעה באוקטובר, טרם הוקם תאגיד הנצחה ועדיין לא גובשה מדיניות בתחום ההנצחה הזמנית והקבועה.
נמצא כי עיריית אופקים מתקשה לתת מענה לתושבי שכונת מישור הגפן באופקים שנפגעו באירועי שבעה באוקטובר, וזאת על אף מעורבות משרדי הממשלה בנושא והסתייעותה בגופים פילנתרופיים.
מבקר המדינה ציין כי על משרד ראש הממשלה, השר במשרד האוצר ומנהלת תקומה לפעול ללא דיחוי לתיקון הליקויים העולים מדוח ביניים זה לשם קידום השיקום של החבל, וקהילותיו ותושביו, וכן עליהם ליישם המלצות אלה גם בבואם לפעול לשיקום יישובי קו העימות בצפון הארץ.