כמעט כל יחידה בצה"ל עברה תחקיר מעמיק בעקבות מתקפת הטרור של חמאס ב-7 באוקטובר אך יש יחידה אחת שלא נבדקה: מתאם פעולות הממשלה בשטחים (מתפ"ש), כך דיווח דורון קדוש בגלי צה"ל. יחידת מתפ"ש, בראשות האלוף רסאן עליאן, מילאה תפקיד מרכזי בגיבוש המדיניות הישראלית מול רצועת עזה בשנים האחרונות. בכירים במערכת הביטחון מציינים, "האלוף עליאן הוא אחד האלופים היחידים בצה"ל שלא רק מיישמים מדיניות, אלא גם מעצבים אותה". בשנים שלפני מתקפת הטרור, מתפ"ש הוביל מהלכים לקידום הסדרה מול חמאס, לרבות הגדלת היקף הפועלים העזתיים שנכנסו לישראל, הקמת אזור תעשייה במעבר ארז, קידום פרויקט "Gas for Gaza", ואישור פיתוח שדה הגז מרין מול חופי הרצועה. כמו כן, מתפ"ש היה האחראי על הכנסת סחורות לרצועה, לרבות חומרים "דו-שימושיים" שנעשה בהם שימוש בפעילות הטרור של חמאס. קדוש מוסיף כי אחת הדוגמאות הבולטות לכך היא אישור חריג שנתן מתפ"ש ביוני 2023, ארבעה חודשים לפני המתקפה, להכנסת צמיגי אופנועים לעזה. זאת, לאחר כעשור שבו לא ניתן אישור כזה בשל חשש לשימוש טרוריסטי. ב-7 באוקטובר נעשה שימוש נרחב באופנועים של חמאס במהלך מתקפתם על היישובים בעוטף עזה. אלא שלמרות מרכזיותו של מתפ"ש בעיצוב המדיניות מול עזה, לא נערך לו תחקיר יחידתי. גם בתחקירים הרחבים שהוצגו לציבור לאחרונה, לא נכלל חלקו של הגוף האמון על קידום המדיניות האזרחית והכלכלית מול הרצועה. בדוברות מתפ"ש מסרו: "בניגוד לנטען, היחידה שולבה בתחקירים המטכליים, שחלקם הוצגו לציבור. נדגיש כי המתפ"ש פעל לפני 7 באוקטובר ואחריו ליישום המדיניות שנקבעה על ידי ממשלות ישראל ברצועת עזה". מנגד דובר צה"ל אישר את הפרסום וכתב: "פעילות יחידת מתאם פעולות הממשלה בשטחים, בדומה לגופים נוספים בצה"ל, תוחקרה כחלק מתחקור המוקדים המערכתיים של אירועי השבעה באוקטובר. לא נערך תחקיר יחידתי בנושא".