קיומה של גדר הביטחון הביא לירידה בכמות הפיגועים שהוצאו מאזור השומרון. מחקירות של פעילי טרור מתשתיות שונות בשומרון עולה כי גדר הביטחון בשומרון אכן מהווה מכשול משמעותי המשפיע על יכולתן של תשתיות הטרור בשומרון להחדיר מחבלים לתחומי מדינת ישראל.

לדברי גורמי צבא, עולה מחקירות המחבלים כי בשל קיומו של המכשול נאלצות תשתיות הטרור למצוא דרכים מסובכות חלופיות בכדי להחדיר מחבלים אל תוך תחומי הקו הירוק.

בעקבות זאת פועלות תשתיות הטרור במטרה להחדיר מחבלים מאזורים בהם לא הושלמה בניית הגדר ופועלות במטרה להסיט את מקומות החדירה באזור שכם שם קיימת הגדר, לאזור יהודה לישראל שם הגדר טרם נבנתה.

גדר הביטחון מהווה מכשול גם לשוהים בלתי חוקיים המעונינים להיכנס למדינת ישראל.

גורמי צבא, אומר כתבנו חגי הוברמן, מספרים כי במהלך החודשים האחרונים ניתן להבחין כי, ניסיונות החדירה מאזורים בהם לא הושלמה הקמת הגדר רבים יותר. הקושי להוציא אל הפועל פיגועים מאזור שומרון בזכות גדר הביטחון גרם לירידה ניכרת בכמות הפיגועים בשטחי מדינת ישראל, במקביל לעליה בכמות הפיגועים שיצאו אל הפועל מאזור יהודה, בו לא הוקמה עדיין הגדר.

כתבנו חגי הוברמן מציין כי מאז הפיגוע בצומת בר אילן באוקטובר 2002 לא הצליחה תשתית החמא"ס בשומרון להוציא אל הפועל אף פיגוע התאבדות בשטחי מדינת ישראל. עם זאת, לאחרונה אירעו מספר מקרים בהם תשתיות הטרור בשומרון הם שתכננו את הפיגוע וסיפקו את אמצעי החבלה אולם המחבל עצמו אמור היה לצאת מאזור יהודה בו לא הוקמה עדיין גדר הביטחון.