השפעתו של פוסק הלכה אינה נמדדת רק לפי התשובה אותה השיב לשואליו כמענה מקומי לבעיה מזדמנת, אלא בעיקר לפי פסקי הלכה שיש להם השלכה משמעותית לדורות.
פסיקותיו של הרב שאול ישראלי, הן בהלכות מדינה והן במצוות התלויות בארץ, מהוות יסודות איתנים המשמשים כיום את תלמידי החכמים והפוסקים. חידושיו בנושאים אלו נהיו לנכסי צאן ברזל בהיכלי הישיבות, בין תלמידי החכמים שדנים בדבריו ובין מורי ההוראה הנשענים על פסיקותיו בישובים החקלאים.
בשנת תש"ז הקים הרב ישראלי את 'המכון להלכה ברורה בהתיישבות החקלאית' בכפר הרא"ה, שם כיהן כרב המושב. מכון זה היה מיועד לחברי גרעינים קיבוציים ובוגרי ישיבות 'בני עקיבא' ללימוד מצוות התלויות בארץ. הרב העמיק בסוגיות אלו שנזנחו במשך הגלות, חקר את הסוגיות ההלכתיות והעמיק את ידיעותיו החקלאיות מחקלאי המושב והסביבה ומספרות מדעית. במסגרת מכון זה, יצאו לאור דפי הנחיה ושיעורים לחקלאים, תשתית שהתגבשה לספרו 'ארץ חמדה'.
בהקדמה לספרו זה, העוסק בהנחת היסודות למצוות התלויות בארץ, מבקש הרב שתלמידי החכמים יהיו מחוברים לציבור, ל'עם שבשדות', קשובים לצרכיו ומעורים באורחות חייו ליצירת 'ממלכת כהנים וגוי קדוש'.
הרב ינק יסוד זה מרבו הראי"ה קוק, שראה את הקדושה בחקלאות הישראלית בארץ:
בנין הארץ, היסוד הראשי, החקלאות, הלא היא אצל כל העמים רק גורם כלכלי חיוני פשוט, אבל העם אשר הנושא שלו כולו הוא קודש קודשים, וארצו, ושפתו, וכל ערכיו כולם קודש הם... הרי גם חקלאותו כולה היא ספוגת קודש.
לאור הבנה מכוננת זו, היה יוצא הרב ישראלי אל השדות לעמוד מקרוב על הצרכים של החקלאים, ובכך פסיקותיו ההלכתיות של הרב במצוות התלויות בארץ קיבלו מימד חדש. מתוך הקשבה לצורכי העם שבשדות, מתוך לינה בעומקה של הלכה, חתר הרב למציאת פתרונות הלכתיים.
ניתן להמחיש זאת בשני חידושים של הרב בהלכות כלאיים, כלאי זרעים וכלאי אילן.
בשנת תרצ"ח, עם הגעתו לכפר הרא"ה, צפו ועלו שאלות הלכתיות בנושאי מצוות התלויות בארץ, והרב חתר למצוא פתרונות הלכתיים לכך.
צמחים רבים סובלים מתופעה בוטנית הנקראת 'רביצה', בה הצמח משתרע ואינו צומח כלפי מעלה. תופעה זו גורמת להדבקה רבה יותר במחלות, וכן איבוד יבול בשל הקושי לאוספו. צמח ה'בקיה' הוא אחד מהצמחים שסובל מכך, ואחת מהשיטות לפתור בעיה זו היא זריעת שיבולת שועל יחד עם הבקיה. באופן זה ה'בקיה' מטפסת על שיבולת השועל וכך אינה רובצת.
כאן התעוררה השאלה, האם מותר לזרוע 'בקיה' שהיא מאכל בהמה יחד עם שיבולת שועל? האם אין בכך איסור כלאים? שאלה זו עלתה מכבר אצל הראי"ה קוק ופוסקים נוספים עסקו בה, ושוב עלתה לפני הרב ישראלי. מתוך הקשבה לצורכי החקלאות בארץ, כדי לקיים את המשקים 'ונוגע לרבים ולישוב בכללותו', ביקש הרב ישראלי למצוא פתרון הלכתי ראוי.
לדבריו, איסור כלאים הוא רק כאשר אדם זורע שני מינים בשדה השייכת לו, שכן נאמר 'שדך לא תזרע כלאים', אך זריעה של שני מינים בשדה חברו אינה אסורה אפילו שמתכוון לערבוב המינים. בכך חידש הרב שניתן לקנות שדה בשותפות וכל אחד מהשותפים יזרע בשלו מה שירצה, ולכשיזרע את המין שלו יתברר למפרע שהמקום בו זרע הוא חלקו המגיע לו. את חידושו זה שלח הרב לרבו, הרי"מ חרל"פ, והתפתח בניהם דיון הלכתי רחב ויסודי, כאשר הרב חרל"פ טוען שהדבר אסור מהפסוק 'לא תזרע' המורה שאיסור זריעת כלאים הוא כאשר הזורע מתכוון לזרוע שני מינים בערבוב, לכן לדעתו הפתרון של הרב ישראלי אינו מקובל, שכן ברצונם של הזורעים להרבות ערבוב המינים.
וויכוח הלכתי זה בליבת האיסור מתוך פסוקי התורה, זכה להסכמתו של הרב יצחק הרצוג, ועורר את הצורך להתחקות אחרי שורשי הדברים ביסודם.
דוגמה נוספת לחידושו של הרב ישראלי מתוך לימוד הדברים ממקורותיהם, מצויה אף היא בהלכות כלאים. בחקלאות המודרנית מקובל שמחליפים מפעם לפעם את זני הפירות שמגדלים העצים בהתאם לדרישות שוק הצרכנים. לצורך החלפת זני העצים היו גודעים את העץ קרוב מאוד לקרקע צמיחתו ומרכיבים על הגדם-'הכנה' את 'הרוכב'-הזן החדש. בשיטה זו מתעוררת השאלה, מהו גובהו המינימלי של הגדם מהקרקע המאפשר לראות בנטיעה הזו את המשכה של הנטיעה הקודמת, ולא להתייחס אליו כנטיעה חדשה?
כאן חידש הרב, כיון שאיסור הרכבת שני מיני אילנות נלמד מאיסור הרבעת שני מיני בהמה, אזי האיסור רק כשמתחברים שני מינים ו'נולד' דבר שלישי, כגון הרכבת ענף נושא פרחים על 'כנה' שיש בה ענף נושא פרחים ולאחר האבקה יוצא פרי חדש. אבל 'כל שההרכבה נעשית בדרך שאין ראויה להיות מופרה זה מזה, דהיינו שקוצץ המין האחד לגמרי ומרכיב במקומו מין שני, אין שייך לדמותו כלל להרבעה, ולא זוהי הרכבה האסורה'.
חידושים רבים ונוספים חידש הרב במצוות התלויות בארץ, ותקצר היריעה, חידושים ויסודות הלכתיים המשמשים לנו כיום ב'מכון התורה והארץ', דרך הוראה מעשית, המגלה לנו שעמודו של הרב ישראלי, עמוד הימיני, מתנוסס פאר לדורות הבאים, מתוך הבנה שארצנו ארץ חמדה היא והעיסוק במצוותיה חביב וטוב הוא, 'וזהב הארץ ההיא טוב - שאין תורה כתורת ארץ ישראל'.