רב העיר צפת וחבר מועצת הרבנות הראשית, הרב שמואל אליהו, פנה למ"מ נציב שירות המדינה, פרופ' דניאל הרשקוביץ, בדרישה לסיים את כהונתו של מנכ"ל הרבנות הראשית, יהודה כהן.
במכתב חריג בחומרתו, טוען הרב אליהו כי סירובו המתמשך של כהן לשלוח מפקחים לחו"ל לפיקוח על שחיטת בשר - למרות החלטות הרבנים הראשיים בעבר ובהווה - היא אירוע חמור המצטרף ל"מסכת כשלים ארוכה" בהתנהלותו של כהן.
הרב האשים את המנכ"ל, כי הוא "לא בוחל באמצעים כדי לאלץ את המערכת לפעול לפי עמדתו, גם אם באמצעות בית המשפט, הגם שהדרג המוסמך סבר אחרת. זוהי חתרנות לשמה".
הוא הוסיף כי "התנהלותו של יהודה כהן חמורה. היא משקפת חוסר הבנה בסיסי באשר להיררכיה המוסדית, חוסר לויאליות בוטה כלפי הרב הראשי שהוא הממונה הישיר עליו, ולקות ממשלתית יסודית בהבנת מקומו. היכן נשמע כדבר הזה, שמנכ"ל יטיח באופן פומבי בפני גורמים חיצוניים שהם בעלי עניין - ביקורת כלפי הדרג המדיני הממונה עליו, ויפעל להגשמת אינטרס עסקי של בעלי הון תוך שהוא חותר להכשלת הגוף שהוא אמון עליו".
עוד נטען כי לא מדובר בתלונה ראשונה נגד כהן ומתנהלת בדיקה בעניינו בנציבות שירות המדינה.
"אדוני הנציב, למען תושבי המדינה שצורכים את כשרות הרבנות הראשית לישראל ולא מקבלים שירות ראוי, אני מבקש ממך להפעיל את סמכויותיך ולסיים את העסקתו של יהודה כהן כמנכ"ל הרבנות הראשית - על רקע אי התאמתו המובהקת לשמש בתפקיד זה", מסכם הרב אליהו.