ב-13 ביוני, עם פתיחת המתקפה הישראלית נגד איראן, הופעל לראשונה בתולדות צה"ל "מטכ"ל הצללים" - צוות חירום בכיר שנועד להבטיח רציפות מבצעית במקרה של פגיעה חמורה בהנהגת הצבא, כך נחשף הבוקר ב"ידיעות אחרונות".
על פי הדיווח, במתחם סודי ומוגן היטב ישבו סגן הרמטכ"ל, אלוף תמיר ידעי, יחד עם אלופים במילואים ותתי-אלופים שהוכשרו מראש לתרחיש חירום מסוג זה, ושהיו חשופים לתוכניות הלחימה המלאות מול איראן.
מטרת הכינוס: להבטיח שליטה פיקודית גם במקרה של "אובדן מוחלט של הפיקוד" - תרחיש נדיר אך מוחשי, נוכח המתיחות וההסלמה מול איראן.
היערכות זו בוצעה בין היתר על רקע החשש כי איראן תנסה לפגוע בראשי צה"ל בעקבות חיסול בכירים בצבא האיראני שבוצע במסגרת המתקפה הישראלית. ואכן, בהמשך היום ניסתה איראן לשגר טילים מדויקים וכטב"מים לעבר הקריה בתל אביב, אך הפגיעה בבסיס נמנעה.
הפעלת "מטכ"ל הצללים" ממחישה את עומק החשש מפני תקיפה ישירה של מתקנים אסטרטגיים בלב ישראל, ואת ההכנות המדוקדקות של מערכת הביטחון לתרחישים קיצוניים. גורמים ביטחוניים העריכו כי ההיערכות תרמה להרתעה מול טהראן, והביאה לצמצום משמעותי ביעילות מתקפת התגובה האיראנית.