מבקר המדינה, מתניהו אנגלמן, מתח ביקורת חריפה על ראש הממשלה בנימין נתניהו, שר האוצר בצלאל סמוטריץ' ושר הביטחון לשעבר יואב גלנט, והטיל עליהם אחריות לכשלים בטיפול בעורף מאז פרוץ המלחמה ב-7 באוקטובר.
בדו"ח שהתפרסם הבוקר (רביעי) המוקדש לניהול הממשלתי של התחום האזרחי במהלך הלחימה, כתב אנגלמן: "מאות אלפי תושבים חוו על בשרם את הכשלים של ממשלת ישראל בניהול התחום האזרחי במלחמת חרבות ברזל".
לפי המבקר, הניהול של הצד האזרחי היה לקוי, וזאת בשל מחדלים מצטברים של ממשלות ישראל מאז מלחמת לבנון השנייה ב-2006.
בין היתר נרשמה פגיעה במפעלים חיוניים, חוסר בפסיכולוגים, טיפול לא מספק במפונים וליקויים במענקים ובפיצויים.
אנגלמן קובע כי שר הביטחון לשעבר יואב גלנט ושרי ביטחון קודמים שעמדו בראש גופי החירום במשרד הביטחון ובצה"ל, רח"ל ופיקוד העורףף לא השכילו להסדיר את מעמדם. נקבע כי "גופי חירום אלו לא סיפקו מענה מספק על פערים שונים בתחום האזרחי במהלך המלחמה".
המבקר גם מותח ביקורת על השר בצלאל סמוטריץ' וטוען כי לא השתמש בסמכויותיו, כמי שעומד בראש הקבינט החברתי-כלכלי, לצורך הפעלת המנגנון שעליו החליטה הממשלה לטיפול בהיבטים האזרחיים של המלחמה.
מטעמו של שר האוצר בצלאל סמוטריץ' נמסר בתגובה לדו"ח: "הררי המשפטיזציה והבירוקרטיה הישראלית הציבו חסם אדיר בפני היכולת לקבל החלטות ולממשן בזמן אמת ולהגיב מהר לצרכים שנוצרו באופן דחוף ומיידי, אף בזמן מלחמה מהקשות שידעה המדינה. כך יצא כי השר קיבל לידיו אחריות - אך ללא סמכות ויכולת לממשה. לשם המחשה, בשבוע הראשון של המלחמה הורה השר להעביר 5 מיליון שקלים לארגון זק"א לטיפול בגופות הטבח, אך ההעברה בפועל נעשתה מספר חודשים לאחר מכן בשל הליכים משפטיים ובירוקטיים הרסניים.
לצד זאת, הניהול שהוביל השר בנחישות גדולה אפשר מתן מענה גדול ומרחיב ביותר ל-200,000 מפונים, 300,000 מילואמיניקים, ולמאות אלפי עצמאים במשבר האזרחי הגדול והממושך ביותר שידעה מדינת ישראל, זאת במקביל לניהול הכלכלה, העמדת התקציבים הדרושים לניהול המלחמה במאות מיליארדי שקלים, הובלת הליכי שיקום ליישובי הדרום והצפון במילארדי שקלים ועוד ועוד. הכול תוך הובלת הליכי חקיקה בכנסת, תקציב, תקנות, נהלים, מערכות מחשוב, גיוס עובדים וכדומה.
ניווט המשק והכלכלה על ידי שר האוצר מול אתגרי המלחמה מוכיח את עצמו והנתונים מדברים בעד עצמם - בחוזקו של השקל, בבורסה ששוברת שיאים, בהייטק, בהשקעות הזרות, בשוק התעסוקה המהודק, בגירעון הנמוך מהתחזיות ובחזרה המהירה של המשק לעבודה סדירה".
משרד ראש הממשלה מסר: "בעוד ממשלת ישראל משיגה הישגים היסטוריים חסרי תקדים ששינו את פני המזרח תיכון, דוח מבקר המדינה עוסק בהערות שוליים חסרות חשיבות אמיתית. ב-7 באוקטובר 2023 נכפתה על ישראל מלחמה מ-7 חזיתות. הדוח מתעלם לחלוטין מכך שמדובר במלחמה קיומית בהיקף שלא ידעה המדינה בכל שנותיה ונפתחה ללא התראה מוקדמת וכאשר לא היו תקדימים לפעול על פיהם. ממשלת ישראל הצליחה לפעול באופן מיידי ויצרה שיטת עבודה מתאימה למצב חירום ייחודי שהתקיים. הדוח אינו מבוסס על נתונים מלאים ומעודכנים ואינו נותן שום ביטוי לעשייה האדירה של ממשלת ישראל לאורך המלחמה שמתנהלת עד היום".
"במהלך המלחמה, ישראל הכתה קשות בחמאס ובחיזבאללה וחיסלה את צמרת ההנהגה שלהם, הובילה לנפילת משטר אסד בסוריה, והסירה מעליה שני איומים קיומיים מאיראן - איום הגרעין ואיום הטילים הבליסטיים. כל זאת, במקביל לניהול תוכנית לשיקום העורף וטיפול במפונים, בנפגעים ובמשפחות החטופים. הממשלה הקצתה למשימות אלה עשרות מיליארדי ש"ח, הקימה מנהלת "תקומה" בדרום, מנהלת "תנופה" בצפון ומנהלת חטופים. כתוצאה ישירה מפעילות הממשלה, שנת הלימודים נפתחה בהצלחה כאשר 95% מתלמידי הצפון חזרו ללמוד בבתי הספר ביישוביהם, לרבות ישובים צמודי גדר. תודות לניהול הכלכלי של הממשלה, כלכלת ישראל נשארה עוצמתית, שער השקל התחזק, הבורסה בשיא וישראל קיבלה יותר השקעות מחו"ל (מו"פ) מכל מדינה אחרת, מלבד ארה"ב".
עוד הודגש כי "רק לפני ימים אחדים, השבועון הנודע 'פורבס' דירג את מדינת ישראל בין עשר המדינות החזקות בעולם. ראש הממשלה דוחה את המסקנות המופרכות העולות מהדוח ורואה בו כמסמך בלתי רלוונטי. התזמון בפרסום הדוח ערב הכניסה והשתלטות על העיר עזה, שהיא שלב קריטי בהכרעת החמאס, תמוהה ומעלה סימני שאלה ביחס למטרת הפרסום והמסקנות שבדוח. ראש הממשלה נתניהו קיים את הבטחתו לשנות את פני המזרח תיכון, תוך ניהול מערכה מדינית, ביטחונית ואזרחית בנחישות ובאחריות, לשם החזרת כל חטופינו ומימוש יתר מטרות המלחמה".