מסופר על הגאון סעדיה גאון, שבאחד ממכתביו הוא מתאר כיצד יצא עם תלמידיו לסוכה דווקא בשנים של מגפה, כשהצפיפות בבתים סיכנה את הבריאות. האוויר צח והריחוק היחסי סייעו בהפחתת הסיכון הדבקה.
בסוכות אנחנו יוצאים מן הבית אל הסוכה הארעית, והגוף נמצא בעמדה פחות ממוגנת. עונות המעבר בארץ, ובעיקר סתיו, מביאות תנודות חדות במזג האוויר: לילות קרירים מול ימים חמים, רוחות ואבק. החשיפה לאוויר הצונן בלילה יכולה לגרום לירידה מקומית בטמפרטורת דרכי הנשימה העליונות, מה שמקל על וירוסים כמו נגיפי השפעת וההצטננות להשתכפל. לא במקרה נצפית עלייה בזיהומי דרכי הנשימה בסתיו, ממש סביב תקופת החגים. עם זאת, יש גם יתרונות בריאותיים מובהקים לישיבה בחוץ: שהייה באוויר הפתוח מפחיתה עד פי עשרה את שיעור ההדבקה במחלות נשימה לעומת שהייה בחללים סגורים וצפופים . החשיפה לאור טבעי תורמת לוויסות השעון הביולוגי, לייצור ויטמין D ולהפחתת דיכאון עונתי.
מחקרים רפואיים מלמדים שכ־15% מהאוכלוסייה חווים ירידה במצב הרוח בעונות המעבר, תופעה הנובעת מהתקצרות שעות האור. הישיבה בסוכה, שבה אור היום מלווה אותנו הרבה יותר, עשויה לשמש גורם מגן. גם השינה בסוכה, על אף שהיא פחות נוחה, מחזירה לאדם את חוויית הטבע עם ציוץ הציפורים בבוקר ורחש הרוח בלילה . מחקרים בתחום השינה מראים כי שהייה חיצונית כזו מסנכרנת מחדש את מחזור השינה, בדומה לשעון קיץ טבעי.
השהייה בסוכה מאפשרת לנו לעצור את המרוץ, לנשום עמוק, ולהחזיר לגוף את מה שהוא צריך באמת: אוויר נקי, שינה מסודרת, תזונה פשוטה ושמחה משותפת עם בני המשפחה. כך נבנית ומתחזקת העמידות של הגוף והנפש, לקראת החורף המתקרב. אנחנו מרגישים מוגנים ומושגחים במיוחד . 'בצל כנפיך תסתירנו'. בישיבה בסוכה אנחנו חבוקים על ידי ריבונו של עולם. 'וימינו תחבקני'.
בספרי מנהגים של יהודי גרמניה מובא מנהג עתיק, אותו אנחנו נוהגים מידי שנה . תולים בסוכה בצל יבש, ותוחבים בו ארבע נוצות של אווז או עוף אחר. כל זה- על שום מה? כתוב 'בצל כנפיך תסתירנו', אל תקרי בְצל כי אם בָצל, בבית קמוצה; ומכאן נשתרבב המנהג לתלות בצלים בעלי כנפיים בסוכה. אבל היות ומדובר במנהג מגוחך-קמעא קוראים לבצל הזה 'שוטה', או בהברה אלזסית 'שאוטה'...
בארצות צפון אירופה הבעיה הגדולה של קיום מצוות הסוכה היה הגשם והקור, ולכן רק מעטים ישנו בסוכה בלילה, שהרי מי שנשאר בסוכה כשהיא לא ראויה לשם 'סוכה' נחשב 'חסיד שוטה'.
אולם היו רבנים חשובים שגם כאשר ירד גשם הם אכלו ולמדו בסוכה כאשר הם מחזיקים מטריה מעל ראשם, באומרם שהחיבה והאהבה למצות סוכה גוברת על אי הנעימות מהגשם. בארץ, הבעיה היא החום - כל חדר וכל מכונית ממוזגים, ורק בסוכה חם, ממש חם, וזה לא נעים. לכן , לדעתי, חובה לשים בסוכה מאוורים ואפילו מזגן נייד כדי שלא יהיה בלתי נעים בסוכה, עד כדי שאולי אפילו היושבים בה נחשבים 'חסידים שוטים'...