הרמטכ"ל, רב-אלוף אייל זמיר, וראש מפקדת השבויים והנעדרים, אלוף (מיל') ניצן אלון, סיכמו הערב (ראשון) על סיום תפקידו של אלון, לבקשתו, לאחר כשנתיים בתפקיד ובתום חודשים ארוכים של פעילות אינטנסיבית במסגרת מלחמת חרבות ברזל.
אלון התייצב לשירות מילואים מיד עם פרוץ מלחמת חרבות ברזל, ומונה על-ידי הרמטכ"ל לעמוד בראש המפקדה, שהובילה את מאמצי השבת החטופים.
מכתבו של אלון למשרתי מפקדת השו"ן
בין תחומי פעילותה: איסוף מודיעין, סיוע למשא ומתן, ביצוע מבצעים מיוחדים, וניהול קשר ישיר עם משפחות החטופים.
בהודעת דובר צה"ל נמסר כי הרמטכ"ל הביע הערכה עמוקה לפועלו של אלון: "הודה לו על התייצבותו למשימה הלאומית החשובה, על תרומתו הייחודית לצה"ל במהלך המלחמה, על מסירותו ועל תרומתו המכרעת למאמץ לשמירה על חיי החטופים, לשחרורם ולהשבת החללים לקבורה".
נמסר כי המפקדה תמשיך לפעול במתכונתה הנוכחית, תחת פיקודו של המפקד המבצעי אלוף-משנה י', הפועל בה מיום הקמתה, ובשיתוף פעולה עם מתאם השבויים והנעדרים מטעם הדרג המדיני, תת-אלוף (מיל') גל הירש.
עוד הבהיר הרמטכ"ל כי "השבת החטופים היא משימה עליונה וחובה מוסרית. כל עוד יש חטופים חללים בעזה - המשימה לא הושלמה".
במכתב למשרתי מפקדת השבויים והנעדרים לקראת סיום שירות המילואים כתב אלון: "לנגד עיננו עמד האתגר בברור גורל החטופים, אי תור מקום קבורת החללים ומקום שביים של החטופים החיים".
עוד הוסיף: "כבני אנוש עשינו גם שגיאות, לעיתים הרות גורל. הקפדנו לתחקר אמת, ללמוד מהטעויות, לשפר ולהתאים את פעולותינו למציאות המשתנה".