בצה"ל מגבשים בימים אלה שורת המלצות לחלוקה מחדש של סמכויות ואחריות בין גופי הביטחון המרכזיים - צה"ל, שירות הביטחון הכללי, המוסד והמשטרה.
על פי הדיווח של דורון קדוש בגלי צה"ל המהלך נוגע להגדרת תחומי הפעולה של כל אחד מהגופים, לרבות בתחום המודיעיני: איסוף מודיעין אותות (סיגינט), מודיעין אנושי (יומינט) ותחומי אחריות בזירות הפעולה השונות. בצה"ל סבורים כי הכשלים שבלטו בתחקירים מחייבים הבהרה ועיצוב מחדש של גבולות האחריות.
תחקירי צה"ל למתקפה חשפו כי ערב האירוע לא פעל אף מקור אנושי מטעמו ברצועת עזה. שב"כ היה הגוף הבלעדי שאסף מודיעין מסוכנים וממקורות אנושיים, בעוד שיחידת 504 של אמ"ן כלל לא פעלה בזירה.
בעקבות זאת נפתח "מרחב דרום" ביחידה, וכעת מבקשים בצה"ל להסדיר את חלוקת הסמכויות מול שב"כ, כדי לא להותיר את כל האחריות בידי גורם אחד בלבד.
כשלים נוספים עלו גם בתחקיר האבטחה של מסיבת הנובה, שהתקיימה בשטח אזרחי אך בסמוך לגדר הרצועה. מאחר שהאירוע הוגדר כאזרחי, משטרת ישראל הייתה אחראית הבלעדית לאבטחתו, ותחנת אופקים אישרה את התוכניות. בפועל, במקום נכחו רק שוטרים בודדים ומאבטחים אזרחיים, ללא נוכחות של חיילים חמושים. ממצאים אלה חיזקו את הצורך לבחון מחדש את חלוקת האחריות בין המשטרה לבין צה"ל באירועים מסוג זה.
בתחקיר נוסף, שעסק בליל ה-6 וה-7 באוקטובר, התגלה כי לא התקיים שיח בין הרמטכ"ל לבין ראש שב"כ באותן שעות קריטיות. אף על פי ששניהם היו ערים, הם לא ערכו הערכות מצב משותפות, וכל אחד מהם קיבל החלטות במסגרת ארגונו בלבד. הגורם היחיד שיזם הערכת מצב בין-ארגונית היה מפקד פיקוד הדרום, האלוף ירון פינקלמן, ששילב בשיחה נציגי שב"כ - אך גם בה לא שונתה הערכת המצב הקיימת.
במערכת הביטחון מתכוונים להסדיר גם את נושא תהליכי קבלת ההחלטות והערכת המצב בשעות חירום, לרבות שאלות כמו מתי ואיך נערך תיאום בין צה"ל לשב"כ או בין צה"ל למוסד, בהתאם לזירה שבה מתרחשת ההתרעה.