לוחמי יחידת המסתערבים שנחקרו על ידי מח"ש בעקבות תקרית הירי בג'נין, טענו כי פעלו מול מחבלי ג'יהאד איסלאמי שהיו תחת מעקב מודיעיני, ובמהלך הפעולה זיהו תנועות מחשידות שהצדיקו תגובה מידית. כך פורסם בחדשות 13.
לדבריהם, החשודים "הורידו ידיים כל הזמן ועשו תנועות של הכנסת יד לכיס", דבר שעלה בקנה אחד עם המידע שהתקבל על כך שהם נושאים עליהם נשק או מטען חבלה. הלוחמים ציינו כי פעלו תחת לחץ מבצעי כבד בשל הסיכון הביטחוני הגבוה בזירה.
לוחם נוסף התייחס לבעיטה שתועדה בסרטון מהאירוע, ואמר כי זו בוצעה לאחר דרישה לחשוף את פלג הגוף העליון של אחד החשודים, כדי לוודא שאינו חמוש. לדבריהם, הירי הראשוני כוון לפלג הגוף התחתון, לאחר שאחד המחבלים סירב להישמע להוראות.
במהלך חקירתם ביום שישי התברר כי הלוחמים לא נעצרו, אלא שוחררו בתנאי הרחקה זמניים. במחלקה לחקירות שוטרים בודקים חשד לגרימת מוות, אך על פי הערכות שהוצגו ללוחמים, מדובר באירוע מבצעי מורכב, והסיכוי לכתב אישום חמור נחשב נמוך.
עוד עלה מהעדויות כי הירי המסיבי התרחש לאחר שמפעיל באגר צעק לעברם כי אחד המחבלים נמלט מהזירה. "באותו רגע היינו בטוחים שמדובר בפיגוע מתפתח - ופעלנו בהתאם להערכת מצב זו", העיד אחד הלוחמים.