רוני מרטן, פעיל חברתי, טוען כי מאגר המידע התורני 'פרויקט השו"ת' של אוניברסיטת בר אילן מפלה את רבני הציונות הדתית.
לדבריו, המאגר כולל ספרים מזרמים חרדיים, בהם אף כאלו המכילים הסתה נגד הציונות הדתית, בעוד שרבני ישיבות ההסדר ורבני ההתיישבות אינם מיוצגים.
מרטן מתאר תחושת אפליה בקרב תלמידי ישיבה חובשי כיפה סרוגה, לדבריו, "כשמחפשים במאגרי המידע התורניים, נתקלים בהפליה בוטה כנגד תלמידי חכמים ציוניים. זה לא רק יוצר חוסרים בלימוד, זה בעיקר מקבע את התפיסה החרדית המזלזלת בישיבות שלנו".
לדבריו, האבסורד מחריף נוכח העובדה שמדובר במיזם ציבורי, "פרויקט השו"ת של אוניברסיטת בר אילן הוא מאגר ממלכתי הממומן מכספי הציבור, ולכן כפוף לכללי המשפט המנהלי". לדבריו, המאגר כולל ספרים מן השוליים הקיצוניים של הציבור החרדי, כדוגמת "שו"ת באר משה", בו נטען כי יש להחרים רבנים דתיים-לאומיים ואף לא להזכיר את שמם בבית המדרש.
מרטן הגיש בקשה לפי חוק חופש המידע על מנת להבין את הקריטריונים להכנסת ספרים למאגר. בתשובה שקיבל נמסר לו: "הספרים המועמדים נבחנים ע"פ קריטריונים קבועים, שעיקרם: החוסרים הקיימים בתחומים השונים, מידת האטרקטיביות של הספר והאם יש לספר ביקוש, זמינות הספר ומהי ההשקעה הנדרשת מבחינה טכנית להכנסת הספר לפרויקט (למשל אם יש גרסה דיגיטלית שלו)".
הוא תהה למשל מדוע ספרים בעלי תפוצה רחבה כמו סדרת "פניני הלכה", שנמכרה בלמעלה ממיליון עותקים לא נמצא שם. "החוסר הקיים בהלכות צבא, לא גרם להם לשקול ספרים של רבני ישיבות הסדר", טוען מרטן. הוא מזמין את הציבור לפנות ישירות אל פרויקט השו"ת ולהביע את עמדתו.
יש לציין כי חרף הביקורת הכללית של מרטין ספרי הרב שאול ישראלי, ראש ישיבת מרכז הרב, והרב יהודה הרצל הנקין, מחבר שו"ת בני בנים כן נמצאים במאגר.