גורמים בכנסת טוענים כי בתקופה האחרונה הייעוץ המשפטי של הוועדות מקשה על ניהול עבודתן השוטפת ומעכב קבלת החלטות מהותיות במספר ועדות.
לטענתם, ההתנהלות פוגעת ביכולת הוועדות לממש את סמכויותיהן ומובילה לשיתוק מעשי בחלק מהמקרים.
כך למשל, גורמים בוועדת האתיקה תוקפים בחריפות את הייעוץ המשפטי של הוועדה ומציינים כי בפועל הייעוץ משתלט על ניהול הוועדה. ועדת האתיקה מחזיקה בסמכות להשעות חבר כנסת לתקופה של עד כחצי שנה וכן להטיל שלילת שכר למשך מספר חודשים, ובתקופה האחרונה התקבלו בה מאות תלונות נגד חברי כנסת ערבים שלטענת המתלוננים הסיתו נגד מדינת ישראל וכוחות הביטחון.
לטענת חברי הוועדה, חרף ניסיונות לנקוט סנקציות חמורות, הייעוץ המשפטי מעכב ומונע זאת ודורש שוויון בענישה. לדבריהם, בעוד שהתלונות נגד חברי כנסת מהמגזר הערבי נוגעות להסתה, התלונות כלפי חברי כנסת יהודים עוסקות במריבות פנימיות בין חברי הכנסת, ובשל כך לא מתקבלות החלטות והוועדה משותקת.
גם גורמים בוועדת חוקה, חוק ומשפט הביעו ביקורת על התנהלות הייעוץ המשפטי לוועדה. לדבריהם, בכל הצעת חוק ובכל דיון הייעוץ המשפטי נוקט קו לעומתי ותוקפני, ואחד הגורמים ציין, "לעיתים נדמה כי הייעוץ המשפטי מחליף את נציגי האופוזיציה".
טענות דומות נשמעו גם ביחס לוועדת התקשורת ולוועדה למיזמים ציבוריים, שם נטען כי הייעוץ המשפטי מתנגד שוב ושוב למהלכי הוועדות. אמש הוציא הייעוץ המשפטי של הוועדה במשרד התקשורת הודעה חריפה נגד התנהלות הוועדה וטען כי היא אינה מתנהלת בצורה חוקית.
במכתב שהועבר אתמול לחברי הוועדה כתב צוות הייעוץ המשפטי, "במהלך השבועות האחרונים הקדשנו שעות ארוכות לגיבוש תיקוני נוסח משמעותיים ורבים להצעת החוק הממשלתית", והוסיף, "הנוסח שהפיצה יו"ר הוועדה אתמול אינו כולל את הפתרונות שהצענו אלא את עמדותיה כפי שגיבשה ככל הנראה בשיח עם מנכ"ל משרד התקשורת. למעשה, ביחס לסוגיות הליבה, הותירה היו"ר את נוסח הצעת החוק במתכונת דומה לזו שהונחה על שולחן הכנסת".
יו"ר ועדת החוקה ח"כ שמחה רוטמן התייחס למתיחות ואמר לערוץ 7, "למרות המחלוקות והחיכוכים, בסופו של דבר, אם אני צריך לשאול את עצמי, האם רבה תועלת על הנזק, בוודאי, רבה תועלת". לדבריו, ישנם משרתי ציבור טובים, אך לעיתים יש להציב גבולות כאשר עמדה מוצגת כמשפטית אך נושאת אופי ערכי או פוליטי.
שי גליק, מנכ"ל ארגון בצלמו, מסר, "הייעוץ המשפטי תפקידו כשמו. לייעץ. עליו לפעול ביחד עם הממשלה הנבחרת ליישם את מדיניות הימין והמחנה הלאומי. זכותם של היועצים המשפטים לחשוב אחרת אולם כיועצים משפטים עליהם לעשות הכל על מנת לאפשר ייעוץ משפטי מאפשר כנגד הפגיעה בביטחון ישראל . לא ייתכן שייעוץ משפטי יגבה חברי כנסת שתומכים בטרור או קוראים לאמברגו נשק על ישראל וימנע חקיקת חוקים שמקדמים רפורמות שהציבור שבחר בנציגי ציבור רוצה אותם".